จดหมายเหตุของศาลปกครองเริ่มมีขึ้นใน พ.ศ. ๒๕๔๒ โดยการริเริ่มของนางกาญจนารัตน์ ลีวิโรจน์ ได้เห็นถึงความสำคัญของงานจดหมายเหตุ เพราะเล็งเห็นว่าเอกสารที่จัดเก็บเป็นจดหมายเหตุในอนาคตจะกลายเป็นแหล่งความรู้เรื่องราวของกระบวนการยุติธรรมทางปกครองของไทย สำหรับให้กับคนรุ่นต่อไปศึกษา ค้นคว้า โดยเริ่มให้จัดเก็บเอกสารการดำเนินงานของคณะกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์  ซึ่งเป็นต้นแบบในการดำเนินงานของศาลปกครอง แต่ในตอนนั้นภารกิจการดำเนินงานจดหมายเหตุอยู่ที่ฝ่ายข้อมูลข่าวสาร ศูนย์สารสนเทศ

          งานจดหมายเหตุเริ่มเป็นรูปธรรม ใน พ.ศ. ๒๕๔๖ จากการกำหนดให้มีกลุ่มจดหมายเหตุ สังกัดกองงานห้องสมุดกฎหมายมหาชนโดยให้มีหน้าที่ในการดำเนินการบริหาร จัดการ อนุรักษ์ และบริการเอกสารจดหมายเหตุ ในระยะแรก กลุ่มจดหมายเหตุ ได้มีการสืบค้นและทำสำเนาจากเอกสารสำคัญเกี่ยวกับประวัติความเป็นมาของศาลปกครอง มีจุดเริ่มต้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พ.ศ. ๒๔๑๗ เรื่อยมาจนถึงการจัดตั้งองค์กรพิจารณาเรื่องร้องทุกข์ของประชาชน จากสำนักหอสมุดแห่งชาติ หอจดหมายเหตุแห่งชาติ หอสมุดดำรงราชานุภาพ และสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ทำให้ได้เอกสารสำคัญมากมาย เช่น สมุดไทย บันทึกข้อพระราชบัญญัติสำหรับตัวเคาน์ซิลลอร์ออฟสเตด พระราชบัญญัติเคาน์ซิลออฟสเตด รูปภาพและประวัติคณะที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน พระราชบัญญัติและพระราชกฤษฎีกาเกี่ยวกับการจัดตั้งองค์กรที่พิจารณาเรื่องที่ประชาชนไม่ได้รับความเป็นธรรม

           ปัจจุบันหอจดหมายเหตุศาลปกครองจัดเก็บเอกสาร ประกอบด้วย    ๑) เอกสารประเภทลายลักษณ์ อาทิ เอกสารที่ได้จัดหาในระยะแรกและเอกสารการดำเนินงานของศาลปกครองด้านต่างๆ ๒) เอกสารโสตทัศน์ อาทิ ฟิล์มเนกาทีฟ วีดิโอ ที่ได้รับมอบจากสำนักประชาสัมพันธ์        ๓) เอกสารประเภทแผนที่ อาทิ แบบแปลนอาคารศาลปกครองส่วนกลางและส่วนภูมิภาค และ ๔) เอกสารประเภทวัสดุคอมพิวเตอร์ อาทิ วีซีดี ดีวีดี ที่บันทึกกิจกรรมสำคัญของศาลปกครอง