อาคารแสดงพันธุ์สัตว์น้ำบึงบอระเพ็ด สร้างเป็นอาคารรูปเรือกระแชง ขนาดกว้าง 35.5 เมตร ยาว 105 เมตร ภายในอาคารประกอบด้วย อุโมงค์น้ำจืด ยาว 24 เมตร, ตู้พันธุ์ปลาน้ำจืดที่หายากและสวยงามกว่า 100 ชนิด, ตู้พันธุ์ปลาน้ำเค็ม, บ่อปลา Touch Pool ที่สามารถสัมผัสกับสัตว์ทะเลได้อย่างใกล้ชิด

ชั้นที่ 1 ประกอบด้วย

• ตู้ปลาน้ำเค็ม 3 ตู้ จัดแสดงปลาฉลามครีบดำ, ปลาการ์ตูนชนิดต่างๆ, ปลาขี้ตังเบ็ดน้ำเงิน, ปลาข้างตะเภา เป็นต้น
  
  

ชั้นที่ 2 ประกอบด้วย

• ห้องเกียรติคุณ จัดแสดงรายนามผู้ร่วมวางศิลาฤกษ์
• ห้องนิทรรศการจัดแสดง อุปกรณ์การจับปลา พรรณไม้น้ำ และพันธุ์ปลาสวยงาม
• ส่วนชมวิวรอบเรือ มีกล้องส่องนกไว้บริการ

อาคารแสดงพันธุ์จระเข้ ประกอบด้วย

• ลานแสดงจระเข้และบ่อเพาะพันธุ์จระเข้ การแสดงจระเข้ "เจ้าเข่งโชว์"