พิพิธภัณฑ์ศิริราชพิมุขสถาน เป็นพิพิธภัณฑ์จัดสร้างขึ้นใหม่โดยใช้อาคารสถานีรถไฟธนบุรี (เดิม) นำเสนอเรื่องราวที่ทรงคุณค่ายิ่ง ทั้งทางประวัติศาสตร์ของพื้นที่บริเวณคลองบางกอกน้อยวังหลัง ตั้งแต่สมัยกรุงธนบุรี สืบมาจนถึงปัจจุบัน นอกจากนั้นยังแสดงประวัติของศิริราช ประวัติการแพทย์แผนไทย การสร้างทางรถไฟสายใต้และวิถีชุมชนบางกอกน้อย โดยใช้เทคนิคนำเสนออย่างทันสมัย 

"ห้องศิริราชขัตติยพิมาน"

น้อมรำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณและพระเมตตาคุณของพระมหากษัตริย์ และพระบรมวงศานุวงศ์ชั้นผู้ใหญ่ที่มีต่อโรงพยาบาล ศิริราชและการแพทย์ของประเทศไทยมายาวนาน

"ห้องสถานพิมุขมงคลเขต"

ถ่ายทอดพระราชประวัติกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข ผ่านจิตรกรรมไทยแบบประเพณี

จัดแสดงหุ่นละครพระราชนิพนธ์เรื่อง พระศรีเมือง และภาพปักตัวละครเอกใน วรรณคดีเรื่อง ไซ่ฮั่น   

"ฐานป้อมพระราชวังหลัง

หลักฐานทางโบราณคดีที่เหลืออยู่ของพระราชวังบวรสถานพิมุข (วังหลัง) อิฐแต่ละก้อนที่เรียงซ้อนกันสามารถเล่าเรื่องราวของอดีตและสภาพสังคมเมื่อกว่า 200 ปีได้อย่าง มากมาย    

"เครื่องถ้วยโบราณ"

ชิ้นส่วนเครื่องถ้วยโบราณหลายยุคสมัยที่ขุดพบระหว่างการก่อสร้างสถาบันการแพทย์สยามินทราธิราช แสดงให้เห็นถึงความสำคัญ ของพื้นที่บริเวณปากคลองบางกอกน้อย       

"ห้องโบราณราชศัสตรา"

จัดแสดงศาสตราวุธหลากชนิดหลายชาติพันธุ์ ล้วนทรงคุณค่า ที่คณะแพทยศาสตร์ฯ ได้รับมอบจากราชสกุล “เสนีวงศ์” ซึ่งเป็นราชสกุล ที่สืบเชื้อสายจากกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข   

"ห้องคมนาคมบรรหาร"

ชมภาพยนตร์สี่มิติสุดระทึกใจ เสมือนหนึ่ง ได้นั่งอยู่ในขบวนรถไฟสายใต้ แล่นผ่านกาล เวลาย้อนอดีตไปถึงวันเริ่มสร้างสถานี เข้าสู่ ช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 ต่อเนื่องถึงปัจจุบัน 

"งานพระเมรุสมเด็จเจ้าฟ้าศิริราชกกุธภัณฑ์"

ภาพประวัติศาสตร์ควรแก่การจดจำ ที่มา แห่งมงคลนาม ไม้ อาคารประกอบ และ เครื่องเรือนจากงานพระเมรุครั้งนี้ ได้นำ มาสร้าง “โรงศิริราชพยาบาล” โรงพยาบาล หลวงแห่งแรกของแผ่นดิน   

"หุ่นกายวิภาคมนุษย์"

ปฐมบทของสื่อการเรียนกายวิภาคศาสตร์ใน โรงเรียนแพทย์ยุคแรก หุ่นจำลองที่ทำจาก เยื่อกระดาษอายุเกือบร้อยปีนี้เป็นประจักษ์ พยานของความก้าวหน้าในวิชาแพทย์สมัย นั้น      

"สมเด็จพระบรมราชชนก"

“พระบิดาแห่งการแพทย์แผนปัจจุบันและ สาธารณสุขของไทย” ผู้ทรงเป็นแบบอย่าง แห่งความเพียร ความอุตสาหะ และการ เสียสละโดยเห็นแก่ประโยชน์ของส่วนรวม เป็นสำคัญ        

"จักษุวิทยา"

มาสัมผัสถึงบรรยากาศของห้องตรวจโรคตาใน อดีต รู้จักเครื่องมือของจักษุแพทย์ที่ใช้ในการ วินิจฉัยโรค และวัตถุจัดแสดงที่หาชมได้ยาก เช่น เลนส์ของต้อกระจก จากผู้ป่วยนับพันราย และเครื่องมือผ่าตัดดวงตาของศิริราชในอดีต  

"อาจารย์ใหญ่"

หัวใจสำคัญของการเรียนวิชากายวิภาคศาสตร์ ที่นักศึกษาแพทย์ทุกคนรู้จัก เคารพและ เรียกขานกันว่า“อาจารย์ใหญ่” โต๊ะปฏิบัติ การชุดนี้เคยรองรับ “อาจารย์ใหญ่” มารุ่น แล้วรุ่นเล่า 

"การจำลองการผ่าตัด"

เมื่อชีวิตผู้ป่วยอยู่ในความรับผิดชอบของ ท่าน ร่วมเป็นหนึ่งในทีมผ่าตัดเพื่อปฏิบัติ การในห้องผ่าตัดจำลองย้อนยุค และเข้าถึง หัวใจของการทำ งานเป็นทีม    

"มหัศจรรย์ร่างกายมนุษย์"

ไขรหัสการแพทย์ ความจริงเกี่ยวกับร่างกาย มนุษย์ ในมุมมองของการแพทย์แผนไทย และการแพทย์แผนตะวันตก ถอดรหัสความ รู้สู่การมีสุขภาพดีด้วยหลักธรรมานามัย        

"ร้านโอสถวัฒนา"

รวบรวมสมุนไพรไทยหลายร้อยชนิด อัศจรรย์ สรรพคุณยาไทยในร้านขายยาโบราณ พร้อม เครื่องมือ อุปกรณ์หลากหลาย พัฒนามาเป็น การผลิตยาด้วยเทคนิคที่ทันสมัย      

"สมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี)"

กราบนมัสการพระอริยสงฆ์ผู้ที่ได้รับการ ยกย่องว่ามีจริยาวัตรน่าเลื่อมใส เป็นมหาเถระ ที่ได้รับความนิยมนับถือ ได้รับการเคารพ ศรัทธาตั้งแต่พระมหากษัตริย์ตลอดไปจนถึง สามัญชนทั่วไป

"วิถีชีวิตชาวบางกอกน้อย"

โรงละคร บทกวี ร้านค้า และศาลาโรงธรรม เป็นส่วนหนึ่งของศิลปวัฒนธรรม ประเพณี และภูมิปัญญา ที่รวมเอาวิถีชีวิตของผู้คน สองฝั่งคลองบางกอกน้อยให้เชื่อมโยงถึงกัน   

"เรือโบราณ"

เผยโฉมเรือไม้โบราณมีความยาวถึง 24 เมตร ถูกฝังกลบมากว่า 100 ปี ถือเป็นเรือไม้ลำ ใหญ่ที่สุดของประเทศเท่าที่เคยขุดค้นได้ เป็นหนึ่งในมรดกทางวัฒนธรรมอันล้ำค่า ของประเทศไทย