ในปีพุทธศักราช ๒๕๔๙ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ทรงพระราชดำริตั้งโครงการบูรณปฏิสังขรณ์วัดบวรนิเวศวิหารขึ้น เพื่อทำการบูรณปฏิสังขรณ์ถาวรวัตถุต่างๆ ทั่วทั้งพระอาราม เพื่อน้อมถวายเป็นพระราชกุศลเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ในโอกาสครบรอบ ๒๐๐ ปี วันพระบรมราชสมภพ ๑๘ ตุลาคม ๒๕๔๗ และน้อมถวายเป็นพระราชกุศลเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ใน ๒ วาระ คือ ในโอกาสมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ๘๐ พรรษา ๕ ธันวาคม ๒๕๕๐ โดยได้เริ่มการบูรณปฏิสังขรณ์ เมื่อวันที่ ๒๑ เมษายน พุทธศักราช ๒๕๔๙ และดำเนินการเสร็จเรียบร้อยสมบูรณ์ เมื่อพุทธศักราช ๒๕๕๕

ในปีพุทธศักราช ๒๕๕๒ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ทรงเจริญพระชันษาครบ ๘ รอบ ๙๖ ปีในวันที่ ๓ ตุลาคม พุทธศักราช ๒๕๕๒ โครงการบูรณปฎิสังขรณ์วัดบวรนิเวศวิหาร พิจารณาเห็นว่า สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ผู้ทรงครองวัดบวรนิเวศวิหารพระองค์ปัจจุบัน รวมถึงผู้ทรงครองและครองวัดบวรนิเวศวิหารในอดีต ได้ทรงปฏิบัติพระกรณียกิจ และศาสนกิจต่างๆ เป็นคุณูปการแก่การพระศาสนาและชาติบ้านเมือง จึงเห็นสมควรที่จะได้นำพระประวัติและผลงานของเจ้าอาวาศวัดบวรนิเวศวิหารทุกพระองค์ทุกท่านมาจัดแสดงให้เป็นที่ปรากฎแก่สาธารณชน เพื่อเป็นการเทิดพระเกียรติ และเป็นแบบอย่างที่ดีให้แก่อนุชนสืบไป

โครงการบูรณปฏิสังขรณ์ วัดบวรนิเวศวิหาร จึงได้ดำเนินการจัดตั้ง "พิพิธภัณฑ์และห้องสมุดเจ้าอาวาสวัดบวรนิเวศวิหาร" ขึ้น ณ อาคารมนุษยนาควิทยาทาน เพื่อรวบรวมพระประวัติพระเกียรติคุณ ผลงานอัฐบริขารและสิ่งของเครื่องใช้ของเจ้าอาวาสวัดบวรนิเวศวิหาร ตั้งแต่พระองค์แรก คือ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งยังทรงพระผนวช จนถึงเจ้าอาวาสวัดบวรนิเวศวิหารพระองค์ปัจจุบัน คือ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก มาจัดแสดงในพิพิธภัณฑ์แห่งนี้ แม้จะไม่ครบถ้วนทุกสิ่ง แต่ก็เพียงพอที่จะทำให้ผู้เข้าชมได้รู้จักแต่ละพระองค์ได้เป็นอย่างดี ตลอดจนเป็นแหล่งเรียนรู้ที่ให้คุณค่าแก่ผู้ที่มาศึกษาและเยี่ยมชมเพื่อให้เกิดพลังความคิดในอันที่จะช่วยกันสืบสานและอนุรักษ์ศิลปวัฒนธรรมอันทรงคุณค่าของชาติบ้านเมืองสืบไป