ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯสุรินทร์  เริ่มดำเนินการครั้งแรกมาตั้งแต่ปี  พ.ศ. 2501 โดยใช้ชื่อว่า  งานส่งเสริมการเลี้ยงไหม  ซึ่งเป็นสาขาหนึ่งหน่วยงานบูรณะการเกษตร ต่อมา ปี  พ.ศ. 2506  หน่วยงานบูรณะการเกษตร  เปลี่ยนชื่อเป็น  สถานีขยายพันธุ์พืชสุรินทร์  งานค้นคว้าวิจัยการปลูกหม่อนเลี้ยงไหม  เริ่มดำเนินการอย่างจริงจังเมื่อปี  พ.ศ.  2516  เมื่อกรมการข้าวกับกรมกสิกรรมรวมกันเข้าเป็น  กรมวิชาการเกษตร  จึงเป็นผลให้  สถานีขยายพันธุ์พืชสุรินทร์  เปลี่ยนชื่อเป็น  สถานีทดลองหม่อนไหมสุรินทร์  สังกัด  กองการไหม  กรมวิชาการเกษตร  ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.2526 ตามหนังสือของสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ที่ สร.  0203/1729  ลงวันที่ 11 กุมภาพันธ์  พ.ศ.  2526  เรื่อง  การแบ่งแยกส่วนราชการภายในกรมวิชาการเกษตร  ชื่อ  สถานีทดลองหม่อนไหมสุรินทร์ สังกัด กองการไหม  กรมวิชาการเกษตร เป็น สถานีทดลองหม่อนไหมสุรินทร์   สังกัดสถาบันวิจัยหม่อนไหม กรมวิชาการเกษตร  กระทรวงเกษตรและสหกรณ์  ปี  พ.ศ  2545 เปลี่ยนชื่อหน่วยงานเป็น   ศูนย์บริการวิชาการด้านพืชและปัจจัยการผลิตสุรินทร์  สังกัด  สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตร เขตที่ 4 กรมวิชาการเกษตร  กระทรวงเกษตรและสหกรณ์  ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2548 ได้มีกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (ฉบับที่ ๒ ) พ.ศ. ๒๕๔๘ ลงวันที่ 10 สิงหาคม 2548 เปลี่ยนชื่อหน่วยงานเป็น ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ สุรินทร์ สังกัด สถาบันหม่อนไหมแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ สำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ต่อมา เมื่อวันที่ ๑๓ สิงหาคม ๒๕๕๒ สภาผู้แทนราษฎรเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวงกรม จัดตั้งกรมหม่อนไหม ซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงลงพระปรมาภิไธยในพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ ๗) พ.ศ. ๒๕๕๒ ซึ่งได้เปลี่ยนชื่อหน่วยงานเป็นศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ (สุรินทร์) สังกัด สำนักงานหม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ เขต ๔ จังหวัดนครราชสีมา กรมหม่อนไหม กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ซึ่งมีผลตามกฎหมายตั้งแต่วันที่ ๔ ธันวาคม ๒๕๕๒ เป็นต้นมา