พิพิธภัณฑ์สัตว์และพืชทะเล (Reference Collection) มีจุดเริ่มต้นจากความร่วมมือระหว่างคณะนักวิทยาศาสตร์เดนมาร์กและคณะนักวิทยาศาสตร์ไทยในการสำรวจร่วมไทย-เดนมาร์ก ครั้งที่ 5 (The Fifth Thai-Danish Expedition) บริเวณชายฝั่งด้านตะวันตกของไทยในมหาสมุทรอินเดีย ในปี พ.ศ. 2509พิพิธภัณฑ์ฯ ได้จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นแหล่งรวบรวมตัวอย่างทางวิชาการของสิ่งมีชีวิตในทะเลของน่านน้ำไทย ตามข้อตกลงความร่วมมือทางวิชาการสาขาชีววิทยาทางทะเลระหว่างรัฐบาลแห่งราชอาณาจักรไทยและรัฐบาลแห่งราชอาณาจักรเดนมาร์ก เมื่อ พ.ศ. 2511  พร้อมกับการจัดตั้งศูนย์ชีววิทยาทางทะเลภูเก็ต (Phuket Marine Biological Center) (เปลี่ยนชื่อเป็น สถาบันวิจัยชีววิทยาและประมงทะเล เมื่อ พ.ศ. 2534 ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นสถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง เมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2545 เปลี่ยนเป็น สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเล ชายฝั่งทะเล และป่าชายเลน เมื่อเดือนกรกฎาคม 2547 และเปลี่ยนเป็นศูนย์วิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งทะเลอันดามัน เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน 2555 โดยสถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเล ชายฝั่งทะเล และป่าชายเลน ตั้งอยู่ที่ศูนย์ราชการเฉลิมพระเกียรติฯ ถ.แจ้งวัฒนะ กรุงเทพฯ

ศูนย์วิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งทะเลอันดามัน ได้รับทุนสนับสนุนจากองค์การพัฒนาระหว่างประเทศของรัฐบาลเดนมาร์ก (DANIDA) เพื่อจัดสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์สัตว์และพืชทะเล เนื่องจากปริมาณตัวอย่างสัตว์และพืชทะเลที่รวบรวมได้จากโครงการเพิ่มขึ้นทุกปี โดยเปิดดำเนินการเมื่อวันที่ 10 กันยายน 2526 มอบให้ศูนย์ชีววิทยาทางทะเลภูเก็ต ซึ่งสังกัดกรมประมงในขณะนั้น  เนื่องในวาระครบรอบสองร้อยปีแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ และเพื่อระลึกถึง 15 ปี ของความร่วมมือระหว่างไทย-เดนมาร์ก ในการก่อตั้งศูนย์ชีววิทยาทางทะเลภูเก็ต

ปัจจุบันพิพิธภัณฑ์สัตว์และพืชทะเล สังกัดศูนย์วิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งทะเลอันดามัน (Phuket Marine Biological Center, PMBC) กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม จัดแสดงนิทรรศการเพื่อเผยแพร่ความรู้แก่นักเรียน นิสิต นักศึกษา และประชาชนผู้สนใจทั่วไป เพื่อให้เกิดความตระหนักและเห็นคุณค่าในการอนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง โดยการนำเรื่องราวความรู้ทางด้านวิชาการมาเรียบเรียงให้เข้าใจได้ง่ายในรูปแบบสื่อโปสเตอร์ และวีดิทัศน์