อาคารแสดงพันธุ์สัตว์น้ำบึงบอระเพ็ด สร้างเป็นอาคารรูปเรือกระแชง ขนาดกว้าง 35.5 เมตร ยาว 105 เมตร ภายในอาคารประกอบด้วย อุโมงค์ปลาน้ำจืดที่ยาวถึง 24 เมตร และปลาน้ำเค็ม ปลาจากต่างประเทศ หาดูยาก และชมปลานานาชนิด มากกว่า 33 ตู้ 

ชั้นที่ 1 ประกอบด้วย

• ตู้ปลาน้ำเค็ม 3 ตู้ จัดแสดงปลาฉลามครีบดำ, ปลาการ์ตูนชนิดต่างๆ, ปลาขี้ตังเบ็ดน้ำเงิน, ปลาข้างตะเภา เป็นต้น
  
  

ชั้นที่ 2 ประกอบด้วย

• ห้องเกียรติคุณ 
• ห้องนิทรรศการจัดแสดง อุปกรณ์การจับปลา พรรณไม้น้ำ และพันธุ์ปลาสวยงาม
• ส่วนชมวิวรอบเรือ มีกล้องส่องนกไว้บริการ

อาคารแสดงพันธุ์จระเข้ ประกอบด้วย

• ลานแสดงจระเข้และบ่อเพาะพันธุ์จระเข้ การแสดงจระเข้ "เจ้าเข่งโชว์"