พิพิธภัณฑ์เมืองนราธิวาส  เป็นแหล่งรวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับประวัติความเป็นมาของชุมชนเมือง แหล่งมรดกทางวัฒนธรรม ศาสนา ขนบธรรมเนียม ประเพณี วัฒนธรรม วิถีชีวิต มรดกภูมิปัญญาท้องถิ่นในอดีตซึ่งเป็นสิ่งที่มีคุณค่าและความสำคัญยิ่ง ก่อให้เกิดความภาคภูมิใจแก่ชุมชน  นอกจากนี้ยังใช้เป็นแหล่งเรียนรู้ด้านศิลปวัฒนธรรมของชุมชน ประชาชน สถาบันการศึกษา หน่วยงานต่างๆ ทั้งในจังหวัดนราธิวาส และพื้นที่ใกล้เคียง รวมทั้งเพื่อส่งเสริมการท่องเที่ยวเชิงวัฒนธรรมของจังหวัดนราธิวาส

พิพิธภัณฑ์เมืองนราธิวาสจัดแสดงในรูปแบบนิทรรศการถาวร  โมเดลจำลอง อนิเมชั่น วีดีทัศน์ มีพื้นที่จัดแสดง 2 ชั้น รวม 18 ห้อง ดังนี้

ชั้นที่ 1 ประกอบด้วยห้องจัดแสดง 6 ห้อง ประกอบด้วย

• (1) ห้องโถงทอภูมิผูกนรา  เป็นเป็นโถงต้อนรับ จัดแสดงประติมากรรม และเรื่องราวสถานที่สำคัญและวัฒนธรรมเด่นของจังหวัดนราธิวาส ตามคำขวัญประจำจังหวัด เป็นการแสดงบรรยากาศการเข้าสู่พื้นที่นิทรรศการ เกริ่นนำให้ผู้ชมรับรู้เรื่องเด่นของนราธิวาส ก่อนเข้าชมรายละเอียดในส่วนจัดแสดง
• (2) ห้องบรรยายสรุป จัดฉายวีดิทัศน์ พร้อมบรรยายสรุป ส่วนจัดแสดงต่าง
• (3) ห้องภูมิแผ่นดินและทรัพยากรธรรมชาติ จัดแสดงเรื่องราวทางด้านกายภาพ ภูมิศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติของจังหวัดนราธิวาสและแหล่งท่องเที่ยวทางธรรมชาติของจังหวัดนราธิวาส เพื่อส่งเสริมด้านการท่องเที่ยว
• (4) ห้องภูมิหลัง(พัฒนาการทางประวัติศาสตร์) จัดเรื่องราวทางโบราณคดี ประวัติศาสตร์และประวัติความเป็นมาของจังหวัดนราธิวาส
• (5) ห้องจำลองบรรยากาศเมือง จำลองบรรยากาศเมืองตั้งแต่อดีตสู่ปัจจุบัน จัดแสดงบรรยาย บรรยากาศเมืองนราธิวาส พร้อมทั้ง VDO animation มี presenter วีดิทัศน์ เรื่อง “นราธิวาส เสน่ห์แห่งด้ามขวาน”
• (6) ห้องจัดแสดงภาพเก่า จัดแสดงเรื่องราวภาพเก่าที่มีความสำคัญ เป็นเรื่องราวหรือเหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับจังหวัดนราธิวาส

ห้องจัดแสดงนิทรรศการถาวร ชั้นที่ 2 จำนวน 6 ห้อง ประกอบด้วย

• (7) ห้องภูมิชน - ชาติพันธุ์  จัดแสดงเรื่องราวของความหลากหลายทางชาติพันธุ์ศาสนา ที่เข้ามาในจังหวัดนราธิวาส ประกอบด้วย โอรังอัสลี ชาวมลายู ชาวสยาม ชาวจีน ชาวอินเดียปากีสตาน
• (8) ห้องภูมิเมือง(การตั้งถิ่นฐานและชุมชนเก่า) จัดแสดงถึง ลักษณะการตั้งถิ่นฐาน ประกอบด้วยชุมชนปากแม่น้ำ ชุมชนกลางหุบที่ราบ ชุมชนในแหล่งทรัพยากร ชุมชนริมแม่น้ำ ชุมชนริมทางรถไฟชุมชนริมทางหลวง
• (9) ห้องภูมิธรรม(ศาสนา)  จัดแสดงเรื่องราวทางศาสนา  ศาสนสถาน  ศาสนบุคคลทางศาสนาพุทธ ศาสนาอิสลาม  ศาสนาคริสต์ ศาสนาพราห์ม-ฮินดู รวมทั้งความเชื่อ
• (10) ห้องภูมิบุคคล(บุคคลสำคัญ) จัดแสดงเรื่องราวของบุคคลสำคัญทางประวัติศาสตร์  การเมือง การปกครองของจังหวัดนราธิวาส เพื่อเชิดชูเกียรติบุคคลผู้สร้างคุณประโยชน์แก่จังหวัดเป็นแบบอย่างอันดีงามและเป็นความภาคภูมิใจของจังหวัด
• (11) ห้องนราฯเปี่ยมสุขเพราะพระบารมี ส่วนจัดแสดงเรื่องราวถ่ายทอดสำนึกในพรtมหากรุณาธิคุณ และความภาคภูมิใจของชาวนราธิวาสที่มีต่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ตลอดจนพระราชกรณียกิจของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯและพระบรมวงศานุวงศ์กับเมืองนราธิวาส เช่น การเสด็จพระราชดำเนินเยี่ยมเยียนราษฎร โครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริโครงการศิลปาชีพ ฯลฯ รวมทั้งพระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์
• (12) ห้องภูมิชีวิต(ด้านสถาปัตยกรรม) สถาปัตยกรรม กล่าวในภาพรวมของบ้านเรือนพื้นถิ่นมลายู พัฒนาการของเรือนพื้นถิ่นมลายู และสถาปัตยกรรมเด่นของนราธิวาส จำนวน ๖ ชิ้น ประกอบด้วย มัสยิดตะโละมาเนาะ , วัดชลธาราสิงเห , วังเจ้าเมืองระแงะ , อาคารแบบชิโนโปรตุกีส , เรือนโต๊ะดูกู  , ห้องแถวเรือนไม้
• (13) ห้องภูมิชีวิต(ด้านประเพณี) เช่น ชักพระหรือลากพระ รับเจ้าเข้าเมือง ประเพณีแต่งงานตามหลักศาสนาอิสลาม หรือ “นิกะห์” การกวนอาซูรอ ประเพณีลาซัง ประเพณีบุญบั้งไฟ วันตรุษจีน
• (14) ห้องภูมิชีวิต(ด้านอาหาร อาชีพ) กล่าวถึงอาหารขึ้นชื่อของชาวนราธิวาส อาชีพ กล่าวถึงการทำมาหากินในจังหวัดนราธิวาส โดยจำลองโมเดล ตามสภาพภูมิประเทศที่หลากหลายและความอุดมสมบูรณ์ จากน้ำสู่ฟ้า
• (15) ห้องภูมิชีวิต(ด้านภูมิปัญญา) จัดแสดงเรื่องราวมรดกภูมิปัญญาของบรรพชนนราธิวาส  เช่น  งานช่างฝีมือ  เครื่องจักสารย่านลิเภา จัดแสดงผลิตภัณฑ์จักสานพื้นบ้าน
• (16) ห้องภูมิชีวิต(ด้านศิลปการแสดงและดนตรีพื้นบ้าน)
• (17) ห้องภูมิภาษา – วรรณกรรมและภูมิศิลป์  ส่วนจัดแสดงเรื่องราวของศิลปะการแสดงของจังหวัดนราธิวาส และภาษาที่ใช้ในจังหวัดนราธิวาส ได้แก่ กลุ่มคนที่พูดภาษามลายูท้องถิ่น กลุ่มคนที่พูดภาษาไทยถิ่นใต้ และกลุ่มคนที่พูดภาษาไทยถิ่นตากใบ
• (18) ห้องเทิดพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร 
• (19)  ห้องเทิดพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณฯ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว