พิพิธภัณฑ์เภสัชกรรมไทย จัดตั้งขึ้นเพื่อให้ชนรุ่นหลังได้รู้ประวัติการแพทย์แผนไทยจนถึงปัจจุบัน จัดแสดงเรื่องราวตามหัวข้อต่างๆ ได้แก่ ต้นกำเนิดวิชาชีพเภสัชกรรม  วิวัฒนาการเภสัชกรรมแผนตะวันออกและภูมิปัญญาพื้นบ้าน วิวัฒนาการเภสัชกรรมไทยแผนตะวันตก วิวัฒนาการสมุนไพรและผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ ประวัติการศึกษาเภสัชศาสตร์ในประเทศไทย  วิวัฒนาการวิชาชีพและบทบาทของเภสัชกร รวมถึงกำเนิดและบทบาทของเภสัชกรรมสมาคมแห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมภ์

อีกทั้งยังรวบรวมเภสัชภัณฑ์ในยุคต่างๆ  คัมภีร์ สูตรยาโบราณ ตำรานวด ที่บันทึกในสมุดข่อยและใบลาน จัดแสดงให้ชมอีกด้วย