พิพิธภัณฑ์เห็ดที่มีฤทธิ์ทางยาแห่งนี้เกิดขึ้นจากการสะสมผลงานวิจัยของคณาจารย์ในคณะวิทยาศาสตร์ ด้วยตระหนักดีว่า มหาวิทยาลัยมหาสารคามเป็นมหาวิทยาที่พัฒนาขึ้นมาจากวิทยาลัยวิชาการศึกษา การที่จะส่งตัวเองให้เท่าเทียมกับมหาวิทยาลัยเก่า หรือมหาวิทยาลัยในระดับนานาชาติได้นั้น ต้องมีการสร้างเอกลักษณ์ที่เป็นที่ยอมรับในวงวิชาการ จากประสบการณ์ของคณาจารย์ในคณะที่ได้ทำการวิจัยเกี่ยวกับความหลากหลายทางชีวภาพมากว่า 30 ปี ทำให้สามารถค้นพบว่า การศึกษาเกี่ยวกับเห็ดรา เป็นทางเลือกที่ดีอันหนึ่ง สำหรับมหาวิทยาลัยแห่งนี้  ด้วยเหตุผลที่ว่า เป็นกลุ่มของสิ่งมีชีวิตที่มีผู้เชี่ยวชาญทั้งในระดับประเทศ และต่างประเทศน้อยมาก อีกทั้งสิ่งมีชีวิตกลุ่มนี้มีประโยชน์ต่อวิถีชีวิตของชุมชนและในประเทศไทยมีความหลากหลายทางชีวภาพของเห็ดราสูงมาก จึงเป็นเรื่องท้าทายสำหรับนักวิจัยหน้าใหม่ จรากการดำเนินงานมากว่า 30 ปี ทำให้ได้ตัวอย่างเห็ด ไม่น้อยกว่า 2,000 ชนิด และยังมีอีกไม่น้อยกว่า 2,000 ชนิด ที่ยังไม่สามารถจัดจำแนกได้ ทางคณะวิทยาศาสตร์จึงได้จัดทำพิพิธภัณฑ์เห็ดมีฤทธิ์ทางขึ้น โดยได้รับการสนับสนุนจาก คุณแฟรงกี้ ชาน ได้จัดระดมทุนทั้งจากต่างประเทศ ในประเทศ และเงินส่วนตัว เพื่อจัดสร้างพิพิธภัณฑ์แห่งนี้  โดยหวังว่า พิพิธภัณฑ์แห่งนี้จะได้เป็นศูนย์การเรียนรู้ของคนรุ่นต่อๆ ไป การจัดตั้งพิพิธภัณฑ์เห็ดที่มีฤทธิ์ทางยาแห่งนี้สำเร็จลงได้ด้วยการสนับสนุนของคณบดี คณะวิทยาศาสตร์ (รองศาสตราจารย์     จีระพรรณ  สุขศรีงาม และรองคณบดี (ดร.เนรมิตร  มรกต) นอกจากนี้ยังมีบุคลากรต่างๆ รวมทั้งนิสิต ที่ได้ร่วมแรงร่วมใจในการจัดทำพิพิธภัณฑ์แห่งนี้ ต่อมา จึงได้ตั้งคณะกรรมการพิพิธภัณฑ์เห็ดที่มีฤทธิ์ทางยาขึ้น เมื่อวันที่ 13 ตุลาคม 2551 โดยมีอาจารย์ ดร.อุษา  กลิ่นหอม เป็นประธานโครงการ ดังคำสั่งที่ 827/2551 และได้รับความร่วมมือเป็นเบื้องต้นจากอาจารย์ภาควิชาชีววิทยาและภาควิชาเคมี คณะวิทยาศาสตร์ เป็นผู้ร่วมดำเนินงานและได้ร่วมงานอย่างต่อเนื่องและปฏิบัติตามพันธกิจด้านต่างๆ ตั้งแต่วันที่ 13 ตุลาคม 2551 เป็นต้นมา

           พิพิธภัณฑ์เห็ดที่มีฤทธิ์ทางยา ได้จัดแสดงตัวอย่างเห็ดชนิดต่างๆ โดยได้มีการจำลองแหล่งที่อยู่อาศัยของเห็ดชนิดต่างๆ ซึ่งตัวอย่างเห็ดที่จัดแสดงและเก็บรักษาไว้มีทั้งในลักษณะของตัวอย่างแห้ง และตัวอย่างดอง

          นอกจากนี้ พิพิธภัณฑ์เห็ดที่มีฤทธิ์ทางยายังได้มีการให้บริการทางด้านวิชาการแก่นิสิต นักศึกษา และผู้ที่สนใจ ทั้งในเรื่องของการให้ยืมตัวอย่างเพื่อการศึกษาวิจัย หรือให้คำแนะนำต่างๆ ที่เป็นประโยชน์แก่ผู้ที่มีข้อสงสัยในเรื่องต่างๆ ที่เกี่ยวกับเห็ด รวมถึงเป็นแหล่งเรียนรู้ของเยาวชนในพื้นที่และบริเวณใกล้เคียง

          ปัจจุบันพิพิธภัณฑ์เห็ดฯ ได้รับการจดทะเบียนเป็น International Herbarium Index โดยมีรหัส คือ MSUT ซึ่งสามารถขอยืมตัวอย่างและขอความร่วมมือจากพิพิธภัณฑ์อื่นทั่วโลกที่อยู่ในฐานข้อมูล สามารถสืบค้นข้อมูลเพิ่มเติมได้ที่  http://sweetgum.nybg.org/ih/herbarium.php?irn=154359 ปัจจุบันพิพิธภัณฑ์เห็ดฯ มีความร่วมมือกับสถาบันวิจัยทั้งในประเทศและต่างประเทศเป็นอย่างดี เช่น The Field Museum, Chicago ประเทศสหรัฐอเมริกา