วัดปรมัยยิกาวาสวรวิหาร เดิมชื่อวัดปากอ่าว เป็นวัดโบราณสร้างมาตั้งแต่สมัยอยุธยา ถูกทิ้งร้างหลังจากคราวเสียกรุงครั้งที่ 2 จนถึงพ.ศ. 2317 สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช โปรดเกล้าฯให้ชาวมอญมาตั้งบ้านเรือนที่เกาะเกร็ด พระสุเมธาจารย์(เถ้า) พระเถระผู้ใหญ่ฝ่ายรามัญได้รวบรวมผู้มีจิตศรัทธาสร้างเจดีย์ทรงรามัญ ชื่อเจดีย์ร่างกุ้ง รวมทั้งพระพุทธไสยาสน์ขึ้น ต่อมาท่านได้เป็นเจ้าอาวาสองค์แรกของวัดนี้

พ.ศ. 2417 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 เสด็จพระราชดำเนินทอดกฐิน ณ วัดปากอ่าวและวัดใกล้เคียง ได้เสด็จทอดพระเนตรบริเวณวัดซึ่งเสนาสนะต่างปรักหักพังทรุดโทรม ทรงคำนึงถึงพระเจ้าบรมมหัยยิกาเธอ กรมเสด็จพระสุดารัตน์ราชประยูรณ์ ซึ่งอภิบาลบำรุงพระองค์มาแต่ทรงพระเยาว์ ทรงรับสั่งอยู่เนือง ๆ ว่า ถ้าทรงพระเจริญขึ้นแล้วขอให้ทรงช่วยให้ได้สร้างพระอารามหนึ่ง จึงทรงปฏิสังขรณ์วัดปากอ่าว

ส่วนพิพิธภัณฑ์วัดปรมัยยิกาวาสวรวิหาร ตั้งอยู่ภายในวัดปรมัยยิกาวาส โดยมีอาคารสองชั้นซึ่งแต่เดิมเป็นกุฎิของอดีตเจ้าอาวาส สร้างในสมัยรัชกาลที่ 5 เป็นอาคารจัดแสดง

ชั้นล่าง หรือ หอไทยนิทัศน์เครื่องปั้นดินเผา ได้รับการสนับสนุนจาก สวทช. จัดแสดงเรื่องราวเกี่ยวกับเครื่องปั้นดินเผาเป็นหลัก โดยได้จำลองเตาเผาและหุ่นจำลองของช่างทำเครื่องปั้นดินเผาไว้ มีมุมฉายวีดิทัศน์เรื่องราวต่าง ๆ อาทิ ขนมไทยที่มีชื่อเสียงของเกาะเกร็ด พื้นที่ส่วนใหญ่ในอาคารจัดแสดงวิวัฒนาการของเครื่องปั้นดินเผาที่พบในประเทศไทย และมีตัวอย่างของเครื่องปั้นดินเผาในภาคต่าง ๆ จัดแสดงด้วย

มุมหนึ่งจัดแสดงเครื่องใช้ไม้สอยในบ้าน ที่วางกองอยู่รวมกัน อาทิ พัดลมเก่า ตะเกียง หรือเครื่องใช้ไม้สอยในครัวเรือนจำพวกครก กระทะใบบัว กระต่ายขูดมะพร้าว เป็นต้น นอกจากนี้ยังมีข้าวของบางชิ้นวางแซมอยู่ระหว่างตู้จัดแสดงทั่วไป เช่น เครื่องอัดกลีบผ้า คูลเลอร์น้ำ เป็นต้น