“หว้ากอ” เป็นสถานที่ประวัติศาสตร์ที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 เสด็จพระราชดำเนินเพื่อทรงพิสูจน์การเกิดสุริยุปราคาเต็มดวงได้อย่างถูกต้อง ซึ่งคำนวณไว้ล่วงหน้าถึง 2 ปีว่าจะเกิดสุริยุปราคาเต็มดวงในวันอังคารที่ 18 สิงหาคม พ.ศ.2411 

ระหว่างที่ประชาชนชาวไทยและชาวต่างประเทศ รอวันพิสูจน์การเกิดสุริยุปราคาที่หว้ากอ เมื่อใกล้ถึงวัน จึงทรงโปรดให้เจ้าพระยาศรีสุริยวงศ์มาสร้างค่ายไว้ล่วงหน้า และพระองค์ได้ใช้ค่ายนี้เป็นห้องทดลองวิทยาศาสตร์กลางแจ้ง เพื่อเป็นที่ชุมนุมของนักวิทยาศาสตร์ทั่วโลกและคณะฑูตานุทูตประเทศต่างๆ

16 พฤษภาคม พ.ศ.2532 คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบให้ดำเนินการโครงการอุทยานวิทยาศาสตร์พระจอมเกล้า ณ หว้ากอ

3 พฤษภาคม พ.ศ.2533 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช พระราชทานนามสถานที่แห่งนี้ว่า "อุทยานวิทยาศาสตร์พระจอมเกล้า ณ หว้ากอ จังหวัดประจวบคีรีขันธ์"

16 มิถุนายน พ.ศ.2536 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งเป็นสถานศึกษา ปัจจุบันสังกัดสำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย(กศน.) เพื่อเทิดพระเกียรติองค์พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและสนองนโยบายการกระจายโอกาสในการเรียนรู้ด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีดาราศาสตร์ อวกาศ และสิ่งแวดล้อม แก่นักเรียน นักศึกษา เยาวชน และประชาชนทั่วประเทศ

อุทยานวิทยาศาสตร์พระจอมเกล้า ณ หว้ากอ เปิดให้บริการฐานการเรียนรู้เป็น 3 กลุ่มการเรียนรู้ โดยจัดแสดงแยกอยู่ตามอาคารต่างๆ ได้แก่

• กลุ่มวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ประกอบด้วย ฐานการเรียนรู้เปิดโลกคอมพิวเตอร์, ฐานเรียนรู้การคมนาคมและขนส่ง, ฐานการเรียนรู้เมืองเด็ก, ฐานการเรียนรู้เปิดโลกอนาคต, ฐานการเรียนรู้สวนวิทยาศาสตร์, บิดาแห่งวิทยาศาสตร์ไทย, ฐานการเรียนรู้วิทยาศาสตร์ปฏิบัติการ, ฐานการเรียนรู้เปิดโลกพลังงาน, บ้านวิทยาศาสตร์, การเรียนรู้เทคโนโลยีเพื่ออาชีพ และการเรียนรู้โบราณสถาน
• กลุ่มดาราศาสตร์และอวกาศ ประกอบด้วย ฐานการเรียนรู้ฟากฟ้า ณ หว้ากอ, ฐานการเรียนรู้มนุษย์กับดวงดาว, ฐานการเรียนรู้พระราชวงศ์ไทยกับดาราศาสตร์, ฐานการเรียนรู้รวมใจชาวประจวบ, ฐานการเรียนรู้ความเป็นไปในจักรวาลเรียนรู้เทคโนโลยีอวกาศและเอกภพ และฐานการเรียนรู้พระบิดาแห่งเทคโนโลยีไทย
• กลุ่มธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ประกอบด้วย ฐานการเรียนรู้ธรรมชาติศึกษา, ฐานการเรียนรู้นกและแมลง, ฐานการเรียนรู้ทรัพย์จากแผ่นดินและสวนหิน, ฐานการเรียนรู้ระบบนิเวศและโลกของเรา ขุนเขา ทะเล ฐานการเรียนรู้พื้นที่ชุ่มน้ำ