ตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อปี พ.ส.2537 ได้อนุมัติให้กรมการศึกษานอกโรงเรียนสมัยนั้น (ปัจจุบัน คือ สำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย) ขยายเครือข่ายศูนย์วิทยาศาตร์เพื่อการศึกษาไปสู่ส่วนภูมิภาค ให้ครบทุกเขตการศึกษาทั้ง 12 เขต เพื่อให้เป็นแหล่งเรียนรู้ด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

เขตการศึกษา 9 กรมการศึกษานอกโรงเรียน จึงได้อนุมัติให้จัดสร้างศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาขึ้นณ จังหวัดขอนแก่น โดยใช้สถานที่ก่อสร้างบริเวณพื้นที่สาธารณประโยชน์ ติดถนนมิตรภาพ กม.ที่ 44-45  ในเขตเทศบาลเมืองบ้านไผ่ อำเภอบ้านไผ่ จังหวัดขอนแก่น  และเปิดให้บริการอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 10มีนาคม  2542 เป็นต้นมา

ปัจจุบันศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาขอนแก่น เปิดให้บริการทั้ง

• กิจกรรมค่ายวิทยาศาสตร์
• กิจกรรมบริการนิทรรศการ
• กิจกรรมการศึกษา
• กิจกรรมบริการทางวิชาการ