พิพิธภัณฑ์บุญญาภิรัติจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 16 มิถุนายน พ.ศ. 2554 เพื่อเผยแผ่เกียรติคุณของหลวงปู่ทิม อิสริโก และเก็บรักษาของสะสมของหลวงปู่ทิมไม่ให้สูญหายไป โดยมีการจัดแสดงพระเครื่องชุดใหญ่ของหลวงปู่ทิม การเก็บรักษาพระเครื่องจะนำใส่ไว้ในตู้เซฟ เนื่องจากมีราคาที่สูงมากและนำออกมาให้ชมเฉพาะวันเสาร์เท่านั้น ห้องเล็กที่อยู่ติดกับห้องพระเครื่องจัดแสดงเกี่ยวกับ ผ้ายันต์ เอกสารสำคัญ รอยเท้าของหลวงปู่ทิม สิ่งของต่าง ๆ จัดไว้ในตู้กระจกอย่างดี อีกทั้งยังมีเครื่องรางของพระเกจิอาจารย์ของประเทศไทยท่านอื่นจัดแสดงไว้ที่นี่