พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพาณิชย์นาวี เปิดให้บริการอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 9 มกราคม พ.ศ. 2544 โดยสมเด็จพระพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ เสด็จฯ เป็นองค์ประธานในพิธีเปิดพิพิธภัณฑ์ นิทรรศการถาวรในพิพิธภัณฑ์ แบ่งออกเป็น 6 ห้อง ดังนี้

ห้องที่ 1 จัดแสดงสินค้าและวิถีชีวิตชาวเรือ

จำลองเรือสำเภาขนาดเท่าจริง เพื่อแสดงให้เห็นถึงวิถีชีวิตของชาวเรือและสินค้าชนิดต่างๆ ที่ซื้อขายแลกเปลี่ยนกันในสมัยโบราณ นอกจากนี้ยังจัดแสดงโบราณวัตถุต่างๆที่พบจากใต้ทะเล เช่น คันฉ่องสำริด กุญแจจีน เบ็ดตกปลา ฉาบสำริด พริกไทย ลูกหมาก และไข่เป็ด เป็นต้น

ห้องที่ 2 ห้องแนะนำปฏิบัติการโบราณคดีใต้น้ำ

จัดแสดงเทคนิคการปฏิบัติงานด้านโบราณคดีใต้น้ำ โดยจำลองสภาพของแหล่งโบราณคดีใต้น้ำในจังหวัดจันทบุรี พร้อมนำเสนอวิธีการทำงานใต้น้ำ ตลอดจนอุปกรณ์ต่างๆที่ใช้ในการปฏิบัติงานจริง

ห้องที่ 3 ห้องคลังโบราณวัตถุ

โบราณวัตถุนอกเหนือจากที่นำไปจัดแสดง จะเก็บรักษาไว้ภายในห้องคลังโบราณวัตถุซึ่งมีลักษณะพิเศษ คือ ผนังห้องด้านหนึ่งเป็นผนังกระจก เพื่อให้ผู้เข้าชมสามารถมองเห็นโบราณวัตถุซึ่งจัดเก็บภายในได้

ห้องที่ 4 ห้องเรือและวิถีชีวิตชาวเรือ

ในอดีตคนไทยมีความสัมพันธ์กับสายน้ำอย่างใกล้ชิด ในห้องนี้จัดแสดงเรือจำลองรูปแบบต่างๆ เพื่อให้ได้ศึกษาถึงลักษณะและประโยชน์ใช้สอยที่สอดคล้องกับวิถีชีวิตของคนไทยในแต่ละพื้นที่

ห้องที่ 5 ห้องของดีเมืองจันท์

จัดแสดงเกี่ยวกับประวัติความเป็นมาของจังหวัดจันทบุรีตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ สมัยประวัติศาสตร์ การก่อตั้งเมือง เหตุการณ์สำคัญและเรื่องราวของ “ชาวชอง” ชนพื้นเมืองของจันทบุรี นอกจากนี้ยังให้ข้อมูลเกี่ยวกับสถานที่ท่องเที่ยวทางวัฒนธรรมและทางธรรมชาติ รวมทั้งของดีมีชื่อเสียงของจังหวัดจันทบุรี

ห้องที่ 6 ห้องบุคคลสำคัญ

ถ่ายทอดเรื่องราวเกี่ยวกับพระราชประวัติ พระราชกรณียกิจ และเหตุการณ์สำคัญต่างๆ ในรัชสมัยของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ผู้ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณต่อปวงชนชาวไทยในการกอบกู้เอกราชของชาติคืนภายหลังการเสียกรุงศรีอยุธยา ครั้งที่ 2