พิพิธภัณฑ์กับพระราชา “พิพิธภัณฑ์ธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ” จัดตั้งขึ้นและเปิดให้เข้าชมเป็นครังแรกในวันที่ 5 ธันวาคม 2530 เพื่อเฉลิมฉลองเนื่องในโอกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในรัชกาลที่ 9 ทรงเจริญพระชนมพรรษาครบรอบ 60 พรรษา โดยทรงพระกรุณาพระราชทานนามพิพิธภัณฑ์และโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ทรงประกอบพิธีเปิดพิพิธภัณฑ์ฯ

พิพิธภัณฑ์ของมหาวิทยาลัย “พิพิธภัณฑ์ธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ” เป็นพิพิธภัณฑ์ทางมนุษวิทยา (Thammasat of Anthropology) ของมหาวิทยาลัยธรรมศาตร์ภายใต้การดูแลของคณะสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา ที่ส่งเสริมสนับสนุนการศึกษา ค้นคว้า และทำความเข้าใจมนุษย์และวัฒนธรรมอย่างรอบด้าน ผ่านการศึกษาวิจัย  การเรียนรการสอน  การจัดอบรม และการจัดแสดงวัตถุเพื่อการเยี่ยมชม โดยมุ่งให้บริการสำหรับกลุ่มคนที่หลากหลาย และเป็นทางเลือกของการเรียนรู้ที่ไม่สิ้นสุด โดยคำนึงถึงข้อจำกัดในการเข้าถึงความรู้ของกลุ่มคนต่างๆเพื่อให้เป็น พิพิธภัณฑ์สำหรับทุกคน(Museum For All)

สิ่งของสะสม ลักษณะเด่นของพิพิธภัณฑ์ คือ ความหลากหลายของวัตถุ จำนวนกว่า 6,000 รายการ ประกอบด้วย ซากฟอสซิลอายุนับล้านปี  เครื่องมือเครื่องใช้ของสังคมยุคโบราณเมื่อหลายพันปี  สิ่งของหายาก  ของประหลาด  สิ่งประดิษฐ์  สิ่งของสะสมจากทศวรรษที่ผ่านมา จนถึงของใช้พื้นบ้านและวัตถุทางชาติพันธุ์ของชนกลุ่มต่างๆ โดยเฉพาะในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้

กว่าจะถึงวันนี้ คลังวัตถุของพิพิธภัณฑ์ เริ่มต้นในช่วง พ.ศ.2515-2516 จากอาจารย์และนักศึกษาของคณะสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ร่วมกับ มหาวิทยาลัยศิลปากร มหาวิทยาลัยมหิดล ร่วมกันสำรวจและขุดค้นแหล่งโบราณบ้านธาตุ บ้านอ้อมแก้ว จังหวัดอุดรธานี แหล่งโบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์ ในวัฒนธรรมบ้านเชียง โดยขุดพบโครงกระดูก เครื่องมือหินขัด ภาชนะดินเผา เครื่องใช้สำริดและเหล็ก เครื่องประดับลูกแก้ว เป็นต้น ต่อมาในปี พ.ศ.2530 ดร.วินิจและคุณหญิงพรรณี วินิจฉัยภาค ได้มอบโบราณวัตถุและศิลปหัตถกรรมพื้นบ้านให้กับพิพิธภัณฑ์เพิ่มเติมหลังเกิดอุทกภัยใหญ่ พ.ศ.2554 พิพิธภัณฑ์ได้ปิดปรับปรุงโครงสร้างกายภาพใหม่ เพื่อให้บริการบุคคลที่หลากหลายมากขึ้นและเปิดใบริการเนื่องในโอกาสครบรอบการก่อตั้งพิพิธภัณฑ์ 30 ปี ในวันที่ 29 มีนาคม 2561

สัญลักษณ์ของพิพิธภัณฑ์ พิพิธภัณฑ์ธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ เป็นพิพิธภัณฑ์การศึกษาด้านมานุษยวิทยาและสังคมวิทยา พิพิธภัณฑ์จึงใช้  น้ำเต้า เป็นสัญลักษณ์เพื่อแสดงให้เห็นถึงปฏิสัมพันธ์อันไม่รู้จบและเป็นหนึ่งเดียวกันของสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ของมนุษย์ ธรรมชาติ และการถือกำเนิดของวัฒนธรรม