พิพิธภัณฑ์การแพทย์ศิริราช จัดแสดงนิทรรศการของแต่ละภาควิชาเพื่อใช้เป็นแหล่งเรียนรู้ของนักศึกษาแพทย์และเปิดให้ประชาชนทั่วไปเข้าชม ประกอบด้วย พิพิธภัณฑ์การแพทย์ 6 แห่ง คือ พิพิธภัณฑ์พยาธิวิทยาเอลลิส พิพิธภัณฑ์นิติเวชศาสตร์ สงกรานต์ นิยมเสน พิพิธภัณฑ์ปรสิตวิทยา พิพิธภัณฑ์กายวิภาค-คองดอน พิพิธภัณฑ์และห้องปฏิบัติการเรื่องราวก่อนประวัติศาสตร์สุดแสงวิเชียร พิพิธภัณฑ์สัมผัส เฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระบรมราชินีนาถ 

พิพิธภัณฑ์พยาธิวิทยาเอลลิส

พิพิธภัณฑ์แห่งแรกในศิริราช โดย ศ.นพ.เอลเลอร์ จี.เอลลิส พยาธิแพทย์คนแรก เก็บรวบรวมอวัยวะผู้ป่วยที่ผ่านการตรวจพิสูจน์โรคแล้วไว้สำหรับสอนในวิชาพยาธิวิทยา

พิพิธภัณฑ์กายวิภาค-คองดอน

พื้นฐานการเรียนแพทย์คือ ต้องรู้จักร่างกายของเราทุกส่วน พิพิธภัณฑ์แห่งนี้จึงมีอวัยวะมากกว่า ๒,๐๐๐ ชิ้น เพื่อการเรียนรู้วิชากายวิภาคศาสตร์ เริ่มเก็บรวบรวมโดย ศ.เอ็ดการ์ เดวิดสัน คองดอน

พิพิธภัณฑ์และห้องปฏิบัติการเรื่องราวก่อนประวัติศาสตร์ สุด แสงวิเชียร

นับแต่ พ.ศ. ๒๕๐๓ เมื่อ ศ.นพ. สุด แสงวิเชียร ผู้เชี่ยวชาญด้านกายวิภาคศาสตร์และมานุษยวิทยา เข้าร่วมขุดค้นแหล่งโบราณคดีที่ ต.จรเข้เผือก จ.กาญจนบุรี ซึ่งเป็นการขุดค้นเรื่องราวก่อนประวัติศาสตร์ครั้งสำคัญของประเทศไทย ทำให้มีโอกาสได้ศึกษาเครื่องมือ เครื่องใช้ เครื่องประดับ เครื่องปั้นดินเผาที่ฝังรวมกับโครงกระดูก ท่านรวบรวมสิ่งเหล่านี้จัดตั้งขึ้นเป็นพิพิธภัณฑ์ เปิดเป็นทางการเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๕

พิพิธภัณฑ์ปรสิตวิทยา

ศ.นพ.วิจิตร ไชยพร ผู้ก่อตั้งพิพิธภัณฑ์แห่งนี้รวบรวมตัวอย่างหนอนพยาธิหลายชนิดที่ได้จากผู้ป่วย

นำมาจัดแสดงประกอบกับวงจรชีวิตของมัน

พิพิธภัณฑ์นิติเวชศาสตร์ สงกรานต์ นิยมเสน

งานนิติเวชศาสตร์มีบทบาทสำคัญในการนำวิชาแพทย์และกระบวนการทางวิทยาศาสตร์มาประยุกต์ใช้เพื่อหาสาเหตุการตายผิดธรรมชาติศ.นพ.สงกรานต์ นิยมเสน ได้รวบรวมวัตถุพยานจากคดีที่สิ้นสุดจำนวนมาก มาจัดตั้งเป็นพิพิธภัณฑ์

พิพิธภัณฑ์สัมผัส เฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระบรมราชินีนาถ

จัดเตรียมขึ้นโดยมีลักษณะเฉพาะตัว เพราะที่ห้องนี้ไม่ว่าคนตาดี หรือตาบอด จะได้ชมนิทรรศการด้วยการ “สัมผัส” อย่างเท่าเทียมกันผู้บกพร่องทางการเห็นจะรับรู้ได้ถึงพระสิริโฉมอันงดงามของสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถผ่านเหรียญเซเรสจำลอง พร้อมฟังบทบรรยายประกอบดนตรี สรรเสริญพระเกียรติคุณที่ปรากฏแก่ชาวโลก