อาคารคฤหาสน์กูเด็น สร้างขึ้นโดยพระยาภูมินารถภักดีหรือตนกูบาฮารุดดิน บินตำมะหงง เจ้าเมืองในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เป็นสถาปัตยกรรมยุโรปแบบโคโรเนียล สร้างขึ้นเพื่อเป็นที่ประทับของรัชกาลที่ 5 คราวเสด็จปักษ์ใต้ แต่พระองค์มิได้ประทับแรม ต่อมาจึงใช้เป็นสถานที่สำคัญๆ อาทิเป็นบ้านพักและศาลาว่าการเมืองสตูล  ใช้เป็นกองบัญชาการทหารญี่ปุ่น  ใช้เป็นศาลากลางจังหวัดสตูล  เป็นที่ว่าการอำเภอเมืองสตูล  เป็นโรงเรียนแล้ว  และเป็นสำนักงานกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน(ก.อ.ร.ม.น. )

ด้วยความสำคัญทางประวัติศาสตร์และรูปแบบทางสถาปัตยกรรมที่มีความงดงามโดดเด่น กรมศิลปากรจึงได้ประกาศขึ้นทะเบียนคฤหาสน์กูเด็นเป็นโบราณสถานแห่งชาติ และได้ดำเนินการปรับปรุงอาคาร เพื่อใช้เป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติประจำเมือง เก็บรวบรวมข้อมูล และจัดแสดงประวัติศาสตร์เมืองตลอดจนขนบธรรมเนียมประเพณี วิถีชีวิตชาวสตูล

การจัดแบ่งเป็นห้องต่างๆ ดังนี้

ห้องที่ 1 ห้องข้อมูลข่าวสาร เป็นห้องสำหรับบริการอ่านหนังสือ ค้นคว้าข้อมูล และบริการชุมชน

ห้องที่ 2 ห้องภูมิหลังเมืองสตูล จัดแสดงเรื่องราวภูมิหลังเมืองสตูลด้านต่างๆ เช่น  สภาพภูมิศาสตร์ ธรณีวิทยา เรื่องราวสมัยก่อนประวัติศาสตร์ เหตุการณ์สำคัญในอดีตของเมืองสตูล วิถีชีวิตของชนกลุ่มน้อยซาไก และเรื่องราวของเกาะตะรุเตา โดยการจัดแสดงโบราณวัตถุที่พบจากแหล่งโบราณคดีในจังหวัดสตูล ตัวอย่างทรัพยากรแร่ของจังหวัด และฉากจำลองเหตุการณ์สำคัญ

ห้องที่ 3 ห้องวิถีชีวิตชาวสตูล จัดแสดงวิถีชีวิตชาวสตูลในด้านต่างๆ ได้แก่ ชีวิตชาวเลที่เกาะหลีเปะ การปั้นหม้อ-เผาหม้อแบบโบราณที่บ้านย่านซื่อ  ชีวิตชาวประมงที่บ้านตำมะลัง โดยการจัดแสดงด้วยสื่อ ประกอบด้วยการจำลองแสดงภาพวิถีชีวิต

ห้องที่ 4 ห้องบ้านเจ้าเมือง จัดแสดงอัตถชีวประวัติของพระยาภูมินารถภักดี เจ้าเมืองสตูล ผู้สร้างคฤหาสน์กูเด็น จัดแสดงแบบเครื่องเรือนเป็นข้าวของเครื่องใช้ตามแบบที่พระยาภูมินารถภักดีเคยใช้ แสดงเป็นมุมต่างๆ เช่น มุมห้องนอน มุมพักผ่อน และมุมห้องทำงาน เป็นต้น

ห้องที่ 5 ห้องเรือนชานชาวบ้านสตูล  จัดแสดงแบบบ้านจำลองของชาวบ้านสตูลโดยจัดแสดงให้เห็นวิถีชีวิตของชาวบ้านด้านต่างๆ เช่น ห้องครัว ห้องนอน และห้องอเนกประสงค์ เป็นต้น

ห้องที่ 6 ห้องรับแขกร่วมสมัยคฤหาสน์กูเด็น จัดแสดงชุดรับแขกร่วมสมัยคฤหาสน์กูเด็น โดยสร้างขึ้นใหม่ตามรูปแบบเดิม

ห้องที่ 7 ห้องวัฒนธรรมชาวไทย-มุสลิมในสตูล จัดแสดงตู้หุ่นจำลองและการละเล่นของชาวไทยมุสลิม ตู้หุ่นจำลองแสดงภาพโรงเรียนปอเนาะ มุมจัดแสดงห้องละหมาด พิธีการเข้าสุนัต หุ่นจำลองพิธีนิกะฮ์ (แต่งงาน)

ส่วนดาดฟ้าและร้านอาหาร เป็นส่วนจำหน่ายอาหารว่างและเครื่องดื่ม