พิพิธภัณฑ์หินแปลกก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2542 โดยนาย บรรยง เลิศนิมิตร นักธุรกิจสิ่งทอ และนักสะสม ซึ่งได้เก็บรวบรวมหินนับหมื่นๆ ชิ้นจากทั้งในประเทศไทย และจากต่างประเทศ โดยเริ่มแรกสถานที่ตั้งนั้นอยู่ที่ ปากซอยเจริญกรุง 26 แต่เนื่องด้วยสถานที่คับแคบ และไม่มีที่จอดรถสำหรับลูกค้า จึงได้ทำการย้ายสถานที่มาอยู่ที่จังหวัดปทุมธานี ในช่วงประมาณปี พ.ศ. 2550

คุณ บรรยง เลิศนิมิตร ได้รวบรวมดูแลรักษาหินแปลกมาเป็นเวลานานจนมีจำนวนนับหลายหมื่นชิ้น และได้สร้างพิพิธภัณฑ์นี้ขึ้นเพื่อเผยแพร่สู่สาธารณชน ทำให้ทั้งชาวไทยและชาวต่างชาติได้รับรู้และยอมรับถึงความสวยงามและความมหัศจรรย์ของหินไทย ที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติโดยมิได้มีใครสร้างขึ้น หินที่รวบรวมไว้มีทั้งที่เก็บมาและซื้อจากที่มีคนนำมาขายให้ เมื่อได้หินมาแล้วจะทำความสะอาด นำมาตกแต่งเพื่อจัดวางบนแท่นในตำแหน่งที่เหมาะสมและงดงาม โดยอาจมีการประดับด้วยวัตถุต่างๆ เข้าไปเพื่อสร้างเรื่องราว บางครั้งก็มีการตั้งชื่อให้ ปัจจุบันยังมีหินบางส่วนที่ยังไม่ได้รับการตกแต่ง