พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี  เป็นพิพิธภัณฑสถานประเภทประวัติศาสตร์โบราณคดีประจำภูมิภาคตะวันออก  จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นสถานที่จัดแสดงและรวบรวมโบราณวัตถุ  ศิลปวัตถุ ที่ได้จากแหล่งโบราณคดีต่าง ๆ ของภูมิภาคตะวันออกและพื้นที่ใกล้เคียง ในเขตจังหวัดปราจีนบุรี  สระแก้ว ฉะเชิงเทรา  ชลบุรี  ระยอง  จันทบุรีและตราด  และจัดแสดงเรื่องราวประวัติศาสตร์ของพื้นที่ตั้งแต่การเข้ามาตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ตั้งแต่ราวหมื่นปีมาแล้วจนกระทั่งถึงปัจจุบัน  

แบ่งการจัดแสดงออกเป็นเรื่องต่าง ๆ ดังนี้

๑.ห้องประวัติศาสตร์และโบราณคดีภาคตะวันออก

เรียนรู้ประวัติศาสตร์และโบราณคดีในภาคตะวันออก ด้วยสภาพภูมิประเทศที่อุดมสมบูรณ์ ทำให้เหมาะแก่การตั้งถิ่นฐานของชุมชน ดังปรากฏหลักฐานทางโบราณคดีตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์จนถึงสมัยประวัติศาสตร์ พร้อมชมวีดิทัศน์ “ร่องรอยวัฒนธรรมลุ่มน้ำบางปะกงและภูมิภาคตะวันออก”

๒.ห้องชุมชนโบราณในภาคตะวันออก

จัดแสดงเนื้อหาเกี่ยวกับชุมชนโบราณสมัยก่อนประวัติศาสตร์ในภูมิภาคตะวันออกที่สำคัญ ได้แก่ ชุมชนโคกพนมดี ราว ๓,๕๐๐ – ๔,๐๐๐ ปีมาแล้ว และชุมชนหนองโน ราว ๒,๗๐๐ – ๔,๕๐๐ ปีมาแล้ว ผ่านหลุมศพจำลองเจ้าแม่โคกพนมดีและโบราณวัตถุที่พบจากแหล่งโบราณคดีโคกพนมดีและหนองโน จังหวัดชลบุรี

๓.ห้องพัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณในภาคตะวันออก

จัดแสดงพัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณในภาคตะวันออก เริ่มต้นจากความสัมพันธ์กับดินแดนโพ้นทะเล เข้าสู่ช่วงรับวัฒนธรรมทวารวดีและวัฒนธรรมเขมรโบราณในภาคตะวันออก โบราณวัตถุชิ้นสำคัญที่พบในภาคตะวันออก ได้แก่ ทับหลังจากปราสาทเขาน้อยสีชมพู ทับหลังจากปราสาทสด๊กก็อกธม รวมถึงจารึกที่พบจากปราสาททั้ง ๒ แห่งดังกล่าว

๔.ห้องวัฒนธรรมลุ่มแม่น้ำบางปะกง

จัดแสดงเรื่องราวของชุมชนในบริเวณลุ่มแม่น้ำบางปะกง ตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์จนเข้าสู่วัฒนธรรมทวารวดี ผ่านผนังสื่อมัลติมีเดียโปรเจคเตอร์ทัชที่ทุกท่านสามารถสัมผัสเพื่อรับชมเนื้อหา

๕.ห้องเมืองศรีมโหสถ นครรัฐแรกเริ่มแห่งลุ่มน้ำบางปะกง

เมืองโบราณศรีมโหสถกำเนิดขึ้นร่วมสมัยกับอาณาจักรฟูนันตอนปลายและพัฒนาเข้าสู่วัฒนธรรมทวารวดีในพุทธศตวรรษที่ ๑๒ – ๑๖ ก่อนที่วัฒนธรรมเขมรจะเข้ามาในราวพุทธศตวรรษที่ ๑๗ – ๑๘ พบโบราณวัตถุชิ้นสำคัญ ได้แก่ พระคเณศ พระวิษณุจตุรภุช พระพุทธรูปปางสมาธิ รวมถึงเครื่องสำริดประกอบพิธีกรรมที่มีจารึกภาษาเขมรกล่าวถึงพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗