พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี เดิมเป็นโรงเก็บเรือรบและเรือพระที่นั่ง อยู่ในความดูแลของสำนักพระราชวังและกองทัพเรือ เมื่อเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 โรงเก็บเรือและเรือพระราชพิธี ถูกระเบิดได้รับความเสียหาย ในปี พ.ศ.2490 รัฐบาลจึงได้มอบหมายให้ กรมศิลปากร ทำการซ่อมแซมดูแลรักษาเรือพระราชพิธีที่ใช้ในกระบวนพยุหยาตราชลมารค รวมทั้งเรืออื่นๆ ที่ใช้ในพระราชพิธี ซึ่งล้วนแต่เป็นเรือที่มีประวัติความสำคัญมาแต่โบราณ ซึ่งยังคงความสวยงามจากฝีมือช่างอันล้ำเลิศ และทรงคุณค่าในงานศิลปกรรม ประการสำคัญ คือ ยังสามารถนำมาใช้ในการพระราชพิธีต่างๆ สืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน และเป็นเรือพระที่นั่งในพระมหากษัตริย์ไทยที่มีแห่งเดียวในโลก
ด้วยพื้นที่จำกัด ภายในพิพิธภัณฑ์ จึงจัดแสดงเรือพระราชพิธีได้เพียง 8 ลำ จากเรือพระราชพิธีในกระบวนพยุหยาตราชลมารค จำนวน 52 ลำ อาทิ
พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี มีจำนวน 2 อาคาร ได้แก่
