ท่าเรือแหลมฉบัง ได้ดำเนินการก่อสร้างพิพิธภัณฑ์ขนส่งทางน้ำเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคล เฉลิมพระชนพรรษา 6 รอบ 12 สิงหาคม 2547 สำหรับเป็นสถานที่จัดเก็บรวบรวมวัสดุอุปกรณ์ ประวัติความเป็นมาของกิจกรรมการขนส่งทางน้ำ อย่างสมบูรณ์และเป็นระบบ เพื่อเป็นแหล่งเรียนรู้แก่ผู้สนใจ ให้ประชาชนได้ศึกษาหาความรู้ และยังเป็นสถานที่ท่องเที่ยวและพักผ่อนหย่อนใจแห่งหนึ่งด้วย

การตกแต่งภายในด้วยสถาปัตยกรรมสมัยใหม่ ที่มีความกลมกลืนกับสภาพแวดล้อมและสภาพธุรกิจของการท่าเรือฯ โดยจะมีการจัดสร้างชุดนิทรรศการและกิจกรรมให้มีความเหมาะสมกลมกลืนกับตัวอาคารและพื้นที่โดยรอบ และยังประกอบด้วยห้องเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ฯ ที่จะจัดแสดงทั้งภาพนิ่งและภาพเคลื่อนไหว