พิพิธภัณฑ์พระครูอุทัยธรรมธารี (เส็ง สุขิโต) เกิดขึ้นจากความตั้งใจของท่านพระครูอุทัยธรรมธารี       (เส็ง สุขิโต) อดีตเจ้าอาวาสวัดป่ามะไฟ ที่ต้องการจะจัดแสดงวัตถุโบราณและของสะสมที่ท่านได้รับถวายจากญาติโยมและผู้มีจิตศรัทธา รวมทั้งสิ่งของทั้งหลายของวัด  การจัดสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์เริ่มในปี พ.ศ.2536 โดยท่านพระครูอุทัยธรรมธารี(เส็ง สุขิโต) ได้เจรจาขอใช้ที่ดินของกองทัพบก เพื่อจัดสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์ แต่การก่อสร้างก็ต้องหยุดชะงักเนื่องจากการมรณภาพของท่านพระครูอุทัยธรรมธารีในปี พ.ศ.2538 การก่อสร้างหยุดไปประมาณ 5 ปี ต่อมาในช่วงปี พ.ศ. 2543 ท่านเจ้าอาวาสองค์ใหม่ของวัดป่ามะไฟพระอธิการสัมพันธ์ ปญฺญาปทีโป ได้มาดำเนินการก่อสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์จนแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2543 และทำการจัดแสดงนิทรรศการโบราณวัตถุ ศิลปะวัตถุจนแล้วเสร็จ และได้ส่งมอบอาคารพิพิธภัณฑ์รวมทั้งสิ่งของจัดแสดงภายในทั้งหมดให้อยู่ในความดูแลของกองทัพบก โดยมีค่ายจักรพงษ์เป็นหน่วยงานรับผิดชอบโดยตรง 

อาคารจัดแสดงมี 2 ชั้น  ชั้นที่1 เป็นส่วนของประชาสัมพันธ์ และห้องทำงาน  และส่วนจัดแสดงซึ่งประกอบด้วย ประวัติพิพิธภัณฑ์และพระเกจิอาจารย์ชื่อดังของจังหวัดปราจีนบุรี พระพุทธรูป วังตถุมงคลและของขลังต่างๆ เครื่องปั้นดินเผาและเครื่องถ้วยไทย เครื่องถ้วยจีน พระพุทธรูปสมัยต่างๆ  เครื่องรางของขลัง  เงินตราไทยและต่างประเทศ 

ส่วนชั้น 2 จัดแสดงพระสยามเทวาธิราชที่ทางวัดจัดทำขึ้น และเรื่องราวเกี่ยวกับท่านพระครูอุทัยธรรมธารี (เส็ง สุขิโต) ซึ่งพระสยามเทวาธิราชที่ทางวัดและท่านพระครูได้จัดทำขึ้นนั้น ได้ขอพระราชพระบรมราชานุญาตการจัดสร้างจากพระบาทสเด็จพระเจ้าอยู่หัว ซึ่งเมื่อทำแล้วเสร็จปรากฏว่ามีผู้มาจองและเช่าด้วยความศรัทธาอย่างมากมาย ในขณะนี้ถือได้ว่าเป็นพระที่หายากและมีราคาสูง  นอกจากนี้ยังจัดแสดงชุดเครื่องถ้วยชามเบญจรงค์ลวดลายเก่าแก่สวยงาม เช่น  ลายผักกาด ชุดเครื่องกระเบื้องรูปของเทพเจ้าจีนขนาดเท่าครึ่งหนึ่งของคนจริง จัดแสดงอยู่หลายองค์