พิพิธภัณฑ์ภายในโรงเรียนเซนต์คาเบียล แบ่งออกเป็น 4 พิพิธภัณฑ์ คือ

พิพิธภัณฑ์ผีเสื้อและพิพิธภัณฑ์แมลง                                   

มาจากการสนใจสะสมผีเสื้อของ ภารดาหรือบราเดอร์ ดร.อำนวย ปิ่นรัตน์ อดีตอธิการโรงเรียนเซนต์คาเบรียล โดยบราเดอร์จะใช้เวลาที่ว่างจากการสอนหนังสือกับเพื่อน  ออกตระเวนสู่ป่าเขาลำเนาไพรทั่วประเทศ เพื่อเสาะหาผีเสื้อพันธุ์ต่างๆ

มีผีเสื้อที่จัดแสดงอยู่ภายในพิพิธภัณฑ์มีกว่า 1,000 ชนิด บางชนิดมีสีสันที่สวยงามดึงดูดสายตา เช่น ตระกูล Papilionidae ผีเสื้อกลางคืนบางชนิดก็ดูน่ากลัวนิด เช่น Sphingidae  มีรูปหัวกะโหลกที่ตัว  ส่วนชนิดที่สวยที่สุดเป็นผีเสื้อกลางคืนชื่อ Zygaenidae โดยในแต่ละชนิดจะบอกชื่อชนิด และแหล่งที่มาไว้ให้เรารู้ด้วย เช่น ผีเสื้อกระท้อนบ้านเจอตามต้นกระท้อน เป็นผีเสื้อที่ใหญ่ที่สุดในบรรดาผีเสื้อกลางคืน

นอกจากนี้ภายในพิพิธภัณฑ์ยังมีแมลงอีกหลายชนิด เช่น

แมลงปอ จัดแสดงกว่า 200 ชนิด เช่น Rhyothemis Variegata เป็นแมลงปอชนิดที่มีปีกสวยที่สุ

ด้วง  เช่น ด้วงขี้ช้าง ด้วงขี้ม้า ด้วงกว่าง ด้วงต้นหวาย

ตั๊กแตน เช่น ตั๊กแตนหมู ซึ่งเป็นชนิดที่ตัวใหญ่ที่สุด ตั๊กแตนใบไม้และตั๊กแตนกิ่งไม้มีลักษณะเหมือนใบไม้และกิ่งไม้จริง

จักจั่น เช่น จักจั่นงวง จักจั่นสีต่างๆในป่า มักกินต้นปอเป็นอาหาร

แมลงทับ สีสวยงามให้เราได้ชมกันด้วย

พิพิธภัณฑ์เรือ 

เป็นการจำลองเรือแต่ละยุค แต่ละภาค และตามลักษณะการใช้งาน ประโยชน์ใช้สอยของเรือต่างๆ เพื่อการศึกษาให้นักเรียนได้ทราบชีวิตความเป็นอยู่ของคนสมัยก่อน เพราะคนในสมัยก่อนจะสร้างบ้านเรือนตามแม่น้ำ จึงมีเรือไว้เพื่อการคมนาคม และค้าขาย นอกจากแบ่งการจัดแสดงออกเป็นในแต่ละภาคแล้ว ยังแบ่งออกเป็นประเภทของเรือขุด และเรือต่อ

พิพิธภัณฑ์เรือแห่งนี้ ซึ่งรวบรวมเรือจำลองต่างๆ ที่ไม่สามารถพบเห็นได้ง่ายๆ ในปัจจุบัน

พิพิธภัณฑ์ซากฟอสซิลและหินสี เป็นพิพิธภัณฑ์ที่ทรงคุณค่ามากของโรงเรียนเซนต์คาเบรียล เพราะซากฟอสซิลล้วนมีประวัติความเป็นมาจากที่สำคัญแหล่งต่างๆ ทั้งภายใน และต่างประเทศ ซึ่งมีหลายชนิดที่สูญพันธ์ไปแล้ว 

พิพิธภัณฑ์ทั้งหมดนี้เป็นแหล่งเรียนรู้ขนาดใหญ่ที่ทางโรงเรียนเซนต์คาเบรียลได้จัดสร้างขึ้นมาเพื่อให้นักเรียน ผู้ปกครอง และผู้ที่สนใจทั่วไป เพื่อให้ได้มาเยี่ยมชม และได้มาศึกษาค้นคว้าต่อไป