พิพิธภัณฑ์บัว มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี ดำเนินการจัดตั้งในปี พ.ศ.2543 เป็นโครงการตามแนวพระราชดำริสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และได้เข้าร่วมโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ในปี พ.ศ.2546 เพื่อดำเนินการสำรวจเก็บรวบรวมพันธุ์บัว ปลูกรักษา ศึกษาการใช้ประโยชน์ และสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์พันธุ์บัว โดยเริ่มดำเนินการรวบรวมพันธุ์บัวจาก 40 สายพันธุ์  ปัจจุบันมีพันธุ์บัวมากกว่า 100 สายพันธุ์ ทั้งบัวหลวง  บัวผัน บัวสาย บัวฝรั่ง บัววิกตอเรีย และบัวพันธุ์ไทยหายากในพื้นที่ 18 ไร่

ภายในมีการจัดสรรพื้นที่ออกเป็น 3 ส่วน ได้แก่

ส่วนที่ 1 จะเป็นการแนะนำบัวพันธุ์ต่างๆ ที่ปลูกแยกอยู่ในบ่อซีเมนต์ มีการจัดทำทางเดินเพื่อให้ได้ชมอย่างใกล้ชิด ส่วนนี้ถือเป็นการทดลองศึกษาถึงการเจริญเติบโตของบัวในสภาพแวดล้อมที่ต่างๆกันด้วย

ส่วนที่ 2 เป็นการปลูกบัวอยู่ในร่องน้ำที่ขุดขึ้นจริง รวมถึงการปลูกในพื้นที่บางส่วนของบึงพระรามเก้า โดยคัดเลือกและแยกสายพันธุ์ไว้อย่างชัดเจน เพื่อที่จะศึกษาเกี่ยวกับสภาพแวดล้อม ระบบนิเวศ รวมถึงปัญหาและอุปสรรคในการเจริญเติบโตของบัวสายพันธุ์ต่างๆ

ส่วนสุดท้าย จัดทำเป็นส่วนอนุบาลบัว เพาะเลี้ยง จำหน่าย รวมถึงจัดแสดงพื้นที่ปลูกแฝก ในโครงการพัฒนาและรณรงค์การใช้หญ้าแฝกอันเนื่องมาจากพระราชดำริพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ