ในพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา ฉบับ วันวลิต ได้กล่าวไว้ว่า ในการกระทำยุทธหัตถี ระหว่างสมเด็จพระนเรศวรมหาราชกับพระมหาอุปราชาได้ กระทำใกล้กับวัดร้างแห่งหนึ่ง ซึ่งจะตรงกับสภาพพื้นที่เจดีย์ยุทธหัตถี บ้านดอนเจดีย์แห่งนี้ยังมีวัดร้าง อยู่ทางทิศใต้ของเจดีย์ระยะทางประมาณ 1.5 กิโลเมตร ปัจจุบันคือ วัดบ้านน้อย และยังมีเจดีย์ โบสถ์เก่าแก่ให้เห็นตราบเท่าทุกวันนี้จากหลักฐานดังที่ได้กล่าวอ้างมานี้ น่าจะเป็นที่ยืนยันได้ว่า เจดีย์ยุทธหัตถีบ้านดอนเจดีย์ อ.พนมทวน จ.กาญจนบุรี เป็นเจดีย์องค์ที่สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ทรงสร้างขึ้นหลังจากที่พระองค์ ทรงกระทำยุทธหัตถี ชนะสมเด็จพระมหาอุปราชาเมื่อปี พ.ศ. 2135  เรื่องวัดบ้านน้อย อ. พนมทวน จ. กาญจนบุรี มีเนื้อความโดยสรุปว่า

          “ถึงแม้จะมีหน่วยงานบางหน่วยมาช่วยปรับสภาพแวดล้อมให้แล้ว ซึ่งทำให้ดูสะอาดเรียบร้อยขึ้น ทว่าองค์พระเจดีย์ก็ยังคงเอียงเสื่อมสภาพตามกาลเวลา พร้อมร่องรอยการถูกผ่าอกบริเวณองค์ระฆังเพื่อควักเอาหัวใจ(ธาตุ)ไปขาย แต่ก็ยังไม่มีหน่วยงานใดเข้ามาบูรณะให้แข็งแรงตามหลักวิชาการเพื่อไม่ให้เสี่ยงต่อการล้มครืนลงมาก็เท่านั้น

          ทัศนะส่วนตัวแล้วหากมัวแต่รอหน่วยงานราชการผู้รับผิดชอบมาแก้ไขดูแลพระเจดีย์นี้จะทันการหรือไม่ องค์กรท้องถิ่นท่านคิดเห็นประการใดในฐานะที่ท่านอยู่ตรงนั้น หรือได้แค่มองตาปริบๆรอวันล้มขององค์พระเจดีย์แห่งนี้

          เกือบจะเลยเวลาแล้วที่ทุกฝ่ายต้องร่วมด้วยช่วยกันเพื่อไม่ให้พระเจดีย์องค์ที่ค่อนข้างสมบูรณ์องค์นี้ต้องล้มลงดังใบไม้ที่เตรียมร่วงลงดินในอีกเวลาไม่นานนับจากนี้”