พิพิธภัณฑ์บ้านแฮรีสเป็นอาคารหลักแรกของโรงเรียนที่สร้างด้วยไม้สัก สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2448 มีรูปแบบสถาปัตยกรรมแบบโคโลเนียล ใช้เป็นสถานที่รับเสด็จเจ้าฟ้ามหาวชิราวุธเมื่อครั้งเสด็จมาพระราชทานนามโรงเรียนในปี พ.ศ. 2449 สมัยศาสนาจารย์วิลเลียม แฮรีสได้ใช้เป็นบ้านพักและอาคารอำนวยการ ต่อมา ได้ใช้เป็นอาคารดนตรีและห้องซ้อมดุรยางค์ วันที่ 24 พฤษภาคม พ.ศ. 2523 ได้เกิดอุบัติเหตุเพลิงไหม้บ้านแฮรีส ทางโรงเรียนได้ก่อสร้างบ้านแฮรีสขึ้นใหม่ตรงที่ตั้งเก่าตามลักษณะสถาปัตยกรรมแบบเดิมทุกประการ โดยมีพิธีเปิดเมื่อวันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ. 2536

พ.ศ. 2540 อดีตผู้อำนวยการ พงษ์ ตนานนท์ ดำริจะก่อตั้งพิพิธภัณฑ์โรงเรียนขึ้นมา เมื่อเสร็จแล้วจึงนับเป็นพิพิธภัณฑ์โรงเรียนแห่งแรกในภาคเหนือ ภายในอาคารเก็บหลักฐานทางประวัติศาสตร์เป็นภาพเหตุการณ์สำคัญมากกว่า 500 ภาพ