พิพิธภัณฑสถานวัดคลองท่อม ตั้งอยู่ในวัดคลองท่อม บนถนนเพชรเกษม หลักกิโลเมตรที่71-72 ห่างจากที่ว่าการอำเภอคลองท่อมประมาณ 1 กิโลเมตร เป็นพิพิธภัณฑ์ที่เก็บสะสมสิ่งของ วัตถุโบราณจำนวนมากซึ่งขุดค้นพบได้ในบริเวณที่เรียกว่า "ควนลูกปัด" อันเป็นเนินดินหลังวัดคลองท่อม อาทิ เครื่องมือหิน เครื่องประดับซึ่งทำจากหินและดินเผา รูปสัตว์ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ลูกปัดอันเป็นมรดกทางวัฒนธรรมที่เก่าแก่ของมนุษย์สมัยเมื่อ 5,000 ปีเศษมาแล้ว

ห้องจัดแสดงนิทรรศการ อยู่ชั้น 2 จัดแสดงตัวอย่างกำไล แหวน ขวานหินขนาดและรูปร่างต่างๆ มีโบราณวัตถุชิ้นสำคัญ เช่น ลูกปัดหน้าคน สันนิษฐานว่าเป็นรูป "พระสุริยเทพ" , แก้วหลอมและเศษแก้วหลายสี , ตราประทับที่จารึกด้วยอักษรปัลลวะ  เป็นต้น