พิพิธภัณฑ์บ้านกุฎีจีน บ้านไม้สีครีม 3 ชั้น ก่อตั้งขึ้นโดย คุณนาวินี พงศ์ไทย เพื่อเป็นแหล่งรวบรวมข้อมูลชุมชนชาวสยาม-โปรตุเกส ตั้งแต่สมัยอยุธยาถึงปัจจุบัน และเป็นแหล่งเรียนรู้วัฒนธรรม ขนบธรรมเนียม ประเพณี ภาษา ศาสนาและรากเหง้าของชาวชุมชน

ภายในบ้าน 3 ชั้น แบ่งเป็น

• ชั้นที่ 1 ร้านกาแฟและร้านขายของที่ระลึก
• ชั้นที่ 2 จัดแสดงนิทรรศการ “กำเนิดสยามโปรตุเกส” บอกเล่าประวัติศาสตร์ของชาวโปรตุเกสตั้งแต่เข้ามาสยามครั้งแรกในสมัยกรุงศรีอยุธยาผ่านแผนที่เส้นทางเดินเรือ กว่า 500 ปี ที่ชาวโปรตุเกสเป็นชาวตะวันตกชาติแรก ที่เข้ามาค้าขายและเจริญสัมพันธไมตรีกับชาติสยาม ร่วมรบในกองทัพสยาม จนได้รับพระราชทานที่ดินให้ตั้งชุมชนชาวโปรตุเกส และโบสถ์คริสต์ศาสนาขึ้นที่อยุธยา ต่อเนื่องถึงธนบุรี สืบเชื้อสายชาวสยามโปรตุเกส มาเป็น ชุมชนกุฎีจีน ในปัจจุบัน

จุดเด่น คือ การจำลองหัวเรือกำปั่นและข้าวของเครื่องใช้ที่ชาวโปรตุเกสนำเข้ามาด้วย รวมทั้งอิทธิพลของภูมิปัญญาและวัฒนธรรมโปรตุเกสที่มีต่อสยาม ทั้งการก่อสร้าง ภาษาทางการทูตและการค้า การทหาร การแพทย์ อาชีพ รวมถึงคำศัพท์โปรตุเกสในภาษาไทย เช่น กาแฟ(Cafe) ชา(Cha) หรือจะเป็นบรรดาพืชพรรณที่โปรตุเกสนำเข้ามาในสยาม เช่น พริก มะละกอ ข้าวโพด ฟักทอง สับปะรด น้อยหน่า มะเขือเทศ เป็นต้น

• ชั้นที่ 3 แบ่งเป็น 2 โซน โซนแรก “กำเนิดกุฎีจีน” เล่าเรื่องราวประวัติศาสตร์เมื่อครั้งสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ตั้งเมืองธนบุรี จึงโปรดให้ฝรั่งเชื้อสายโปรตุเกสที่เคยร่วมรบในสงครามกู้เอกราช รวมกันตั้งบ้านเรือนอยู่ริมน้ำใต้คลองกุฎีจีน และได้พระราชทานที่ดินให้ตั้งเป็นชุมชนโปรตุเกส และในตู้มีการจัดคัมภีร์โบราณ อาวุธปืนที่ใช้ในสมัยก่อน และหนังสือตำราสวดภาวนา

โซนสอง จัดแสดงข้าวของเครื่องใช้ อาทิ มุมเตียงนอนสมัยก่อน มุมแสดงผืนผ้าสามวัฒนธรรมที่เรียกว่า “ผ้าคลุมร่วมมิสซา” โดยทำจากผ้าจีน และมีวิธีการพับจับจีบและอบร่ำแบบไทย ซึ่งสตรีคริสตังดั้งเดิมจะนำติดตัวเมื่อไปวัด หรือไปร่วมพิธีมิสซาด้วยเสมอ จุดเด่นของชั้นนี้ คือ โต๊ะอาหารจำลองอาหารจานเด่นของชาวโปรตุเกส เช่น ดัมมะฝ่า หมูอบมันฝรั่ง สตูลิ้นวัว เป็นต้น

• ชั้นดาดฟ้า สามารถขึ้นไปชมวิวแม่น้ำเจ้าพระยา โบสถ์วัดซางตาครู้ส  วัดประยุรวงศาวาสวรวิหารศาลเจ้าเกียนอันเกง วัดกัลยาณมิตรวรมหาวิหาร