จากจุดเริ่มต้นโครงการโบราณคดีใต้น้ำมีหน้าที่รับผิดชอบในกิจกรรมการศึกษา วิจัยเรื่องการพาณิชยานาวีสมัยโบราณโดยการสำรวจขุดค้นแหล่งโบราณคดีใต้น้ำประเภทซากเรื่อจมโบราณ ซึ่งหลักฐานจมน้ำเช่นนี้เป็นประโยชน์อย่างยิ่งต่อการศึกษาเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ การคมนาคม การติดต่อค้าขายทางทะเลตลอดจนถึงสินค้า แหล่งผลิตสินค้า เทคโนโลยีการต่อเรื่อ การเดินเรือ การสงคราม และชีวิตความเป็นอยู่ของชาวเรือ และเมื่อท่าต่าง ๆ ในประวัติศาสตร์ทั้งของประเทศและของภูมิภาค

 หน้าที่ความรับผิดชอบกลุ่มวิชาการโบราณคดีใต้น้ำได้รับมอบหมายให้ดำเนินการตามกิจกรรมดังนี้

1. เก็บข้อมูลทางวิชาการเพื่อการศึกษาวิจัย โดยการสำรวจขุดค้นแหล่งโบราณคดีใต้น้ำทั่วทั้งประเทศไม่ว่าจะเป็นในมหาสมุทร ทะเล แม่น้ำ ลำธาร คลอง บึง น้ำตก หนอง กว๊าน ตระพัง สระ หรืออ่างเก็บน้ำที่เกิดจากการสร้างเขื่อน

2. ศึกษาวิเคราะห์หลักฐานทางโบราณคดีที่ได้จากการสำรวจขุดค้นและร่วมมือกับหน่วยงานอื่น ๆ ที่มีความชำนาญการเฉพาะด้าน ตามกระบวนการศึกษาวิจัย

3. แปลความและตีความหมายจากหลักฐานที่ได้จากการสำรวจขุดค้น

4. จัดการฝึกอบรมในสาขาที่เกี่ยวข้องกับงานโบราณคดีใต้น้ำ

5. พัฒนาปรับปรุงอุปกรณ์และเทคนิคการปฏิบัติงานใต้น้ำให้เหมาะสมแก่เรื่องและกรณี ทั้งการจัดหาจัดซื้อและผลิตเอง