วัดพระธาตุหริภุญชัย เดิมเป็นที่ตั้งของ พิพิธภัณฑสถานมณฑลพายัพ หรือ ลำพูนพิพิธภัณฑสถาน พิพิธภัณฑสถานส่วนภูมิภาคแห่งแรกของภาคเหนือ เป็นสถานที่เก็บรักษาโบราณวัตถุและศิลปวัตถุของพื้นที่มณฑลพายัพ ต่อมาเมื่อกรมศิลปากรได้ประกาศจัดตั้ง พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ หริภุญชัย เพื่อเป็นสถานที่เก็บรวบรวมโบราณวัตถุและศิลปวัตถุที่ได้มาจากวัดสำคัญและแหล่งโบราณคดีในจังหวัดลำพูนขึ้น จึงได้ย้ายโบราณวัตถุบางส่วนไปจัดแสดง  แต่ยังมีของบางส่วนอยู่ภายในวัด เนื่องจากพิพิธภัณฑ์วัดพระธาตุหริกุญชัย ยังคงได้รับบริจาคและสะสมโบราณวัตถุ ศิลปวัตถุอย่างต่อเนื่อง

กระทั่งในปี พ.ศ.2538 พระราชมหาเจติยาภิบาล(ไพบูลย์ ภูริวิปโล) เจ้าอาวาสได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารรูปแบบสถาปัตยกรรมทรงวิหารล้านนาประยุกต์ ใช้ชื่อว่า “อาคารพิพิธภัณฑ์ ๕๐ปี ธนาคารกรุงศรีอยุธยา จำกัด(มหาชน)” เพื่อจัดแสดงโบราณวัตถุและศิลปวัตถุและเปิดให้ประชาชนเข้าชมเมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2541

ภายในอาคารแสดงโบราณวัตถุ ศิลปวัตถุ หลายประเภท เช่น

• พระพิมพ์, พระเครื่องสกุลลำพูน
• พระพุทธศิลปะหริภุญชัย(สกุลช่างลำพูน) อาทิ ปางหริภุญชัย ปางฉันผลสมอ
• พระเนื้อดินที่มาจากภาคเหนือหลายจังหวัด อาทิ เชียงใหม่ ลำพูน เชียงราย แพร่ สุโขทัยและอยุธยา,
• เครื่องปั้นดินเผา เช่น หม้อ ไห
• อาวุธ เช่น หอกโบราณ ดาบโบราณ
• เครื่องใช้ในพิธีกรรมความเชื่อทางศาสนา เช่น อูป ขันดอก ขันโอ ขันโตก พานแว่นฟ้า พานทองเหลือง กลับหมากโบราณ

เป็นต้น