พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติวิทยา กรุงรัตนโกสินทร์ ได้ถูกจัดสร้างขึ้น โดยเป็นดำริของ หม่อมเจ้าจักรพันธุ์เพ็ญศิริ จักรพันธุ์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ในสมัยนั้น พิจารณาเห็นว่าประเทศไทยมีทรัพยากรธรรมชาติประเภทต่าง ๆ เป็นจำนวนมากสมควรที่จะอนุรักษ์ให้เป็นสมบัติของชาติสืบไป จึงได้สร้างพิพิธภัณฑ์แห่งนี้ขึ้นในการสมโภชน์กรุงรัตนโกสินทร์ 200 ปี เมื่อปี พ.ศ. 2525 และมีวัตถุประสงค์คือการเผยแพร่และแสดงตัวอย่างทรัพยากรธรรมชาติให้แก่เยาวชนและประชาชนทั่วไป คงประโยชน์ในด้านการวิจัยค้นคว้า และเพื่อรักษาตัวอย่างทรัพยากรบางชนิดที่หายาก

ภายในพิพิธภัณฑ์ธรรมชาติวิทยา ประกอบด้วยตู้จำลองสภาพของธรรมชาติที่เคยปรากฏในบริเวณพระนคร สภาพป่า ความเป็นอยู่ในยุคต้นๆ ของกรุงรัตนโกสินทร์ และได้รวบรวมตัวอย่างพืชและสัตว์ที่มีหลักฐานว่าเคยพบในบริเวณกรุงเทพมหานครไว้ให้เป็นแหล่งศึกษาค้นคว้า มีการรวบรวมสิ่งของบริจาค เช่น เขาสัตว์ กระโหลกสัตว์ หนังสัตว์ที่หายากและสิ่งของธรรมชาติอื่น ๆ จัดทำเป็นตู้เก็บสิ่งของและห้องจัดแสดงแบบจำลองสภาพธรรมชาติของป่าในลักษณะต่าง ๆ ชนิดละ 1 ตู้ คือ ป่าดงดิบชื้น ป่าดงดิบเขา ป่าเบญจพรรณผลัดใบ ป่าเต็งรัง ป่าชายเลน ป่าพรุน้ำจืด และสภาพทุ่งหญ้า มีคำอธิบายรายละเอียดประกอบ ให้บริการแก่คณะครู อาจารย์ นักเรียน นิสิต นักศึกษา ประชาชนผู้สนใจทั้งชาวไทยและชาวต่างประเทศโดยไม่เสียค่าเข้าชมแต่อย่างใด