คลองสุนัขหอนเป็นคลองธรรมชาติเชื่อมแม่น้ำท่าจีนและแม่น้ำแม่กลอง คลองแห่งนี้เป็นเส้นทางคมนาคมที่สำคัญของพื้นที่ภาคกลางตอนล่างมาแต่โบราณ โดยเฉพาะการเดินทางที่ยึดแม่น้ำเจ้าพระยาของกรุงเทพฯเป็นศูนย์กลาง จากแม่น้ำเจ้าพระยาสู่คลองสาขาหลากเส้นทางเข้าสู่พื้นที่ภาคกลางและภาคตะวันตกล้วนต้องเลือกคลองสุนัขหอนเป็นตัวเชื่อมสำคัญดังที่ปรากฏเรื่องเล่าสำคัญทางประวัตินับตั้งแต่เสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 สมัยนั้นคลองสุนัขหอนกลายเป็นเส้นทางเดินทัพของพม่า ครั้งนายสุจินดา(กรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาท)ฝ่าวงล้อมพม่าจากอยุธยาเพื่อไปหาพี่ชาย(หลวงยกกระบัตรเมืองราชบุรีหรือรัชกาลที่ 1 ) ก็ใช้เส้นทางนี้

หลังบ้านเมืองสงบจนถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์คลองสุนัขหอนก็เป็นเส้นทางสำคัญไปมาระหว่างกรุงรัตนโกสินทร์และหัวเมืองตะวันตก โดยเฉพาะบางช้างซึ่งเป็นบ้านเกิดของสมเด็จพระอมรินทรามาตย์พระราชมารดาในรัชกาลที่ 2 ต้นราชินิกุล ณ บางช้าง ซึ่งทรงมักแวะเวียนไปมาระหว่างบางช้างและบางกอก จนเป็นที่มาของวลีที่ว่า "บางช้างสวนนอก บางกอกสวนใน" และการเดินไปมาที่ต้องอาศัยคลองสุนัขหอนเป็นตัวเชื่อมนี่ทำให้เกิดตำนานท้องถิ่นสมุทรสาครตำนานหนึ่งคือ "พ่อขุนโขน"

ตำนานพ่อคุณโขน เริ่มต้นจากเหตุที่คลองสุนัขหอนเป็นเส้นทางการเดินทางระหว่าง "บางช้างสวนนอก บางกอกสวนใน" เพราะในสมัยรัชกาลที่ 2  มีคณะโขนหลวงได้เดินทางผ่านชุมชนบ้านบ่อขบวนเรือได้อับปาง ผู้ที่มาในขบวนเรือเสียชีวิตจำนวนมาก แต่ที่น่าอัศจรรย์คือ ศพของนักแสดงโขนสองพี่น้องที่ลอยขึ้นมาเหนือน้ำ โดยเฉพาะศพของคนพี่ที่กอดหัวโขนทศกัณฑ์ ชาวบ้านเห็นดังนั้นก็เลื่อมใสศรัทธาในความรักที่มีต่จอการแสดงโขนแม้ในวาระสุดท้ายจึงสร้างศาลให้คนพี่ ณ บริเวณที่พบศพแล้วเรียกว่า "ศาลพ่อคุณโขน" ส่วนบริณที่พบศพคนน้องชาวบ้านก็สร้างศาลให้เช่นกันแล้วเรียกว่า "ศาลพ่อคุณน้อย"

ความศักดิ์สิทธิ์ของศาลพ่อคุณโขนมีเรื่องเล่าที่ผูกโยงกับสายน้ำคลองสุนัขหอน โดยเฉพาะเรื่องจระเข้ศักดิ์สิทธิ์ที่คอยช่วยชาวบ้านในการเดินทางทางน้ำ ไม่ว่าจะไปทำธุระ การเดินทาง และการค้าขายก็มักจะจอดเรือสักการะศาลพ่อคุณโขนเพื่อขอความคุ้มครองปลอดภัยในการเดินทาง ส่วนเรือลำใดไม่สักการะก็มักเกิดอาเพศไม่สามารถเดินทางต่อได้ นอกจากนี้ชาวบ้านที่อาศัยในคลองสุนัขหอนก็นิยมมาขอพรและบนบานศาลกล่าวให้กิจการงานค้าขายรุ่งเรือง ขอให้ฝนไม่ตกในช่วงทำนาเกลือ และขอเรื่องอื่นๆ ทั้งนี้เมื่อคำขอสำเร็จก็มักจะมาไหว้และแก้บนด้วยคณะละครรำในงานประจำปีเสมอในแม้ในปัจจุบันความเคารพศรัทธานี้ก็มิได้เสื่อมคลายลง